Mika Hakkinen miał bardzo udany start do decydującego wyścigu sezonu, chociaż należałoby raczej powiedzieć, że to Michael Schumacher miał nieudany start i dlatego też Fin bez żadnych problemów znalazł się tuż po starcie na prowadzeniu. Kolejnym kierowcą, który podobnie jak Schumacher miał nieudany start był David Coulthard, a ponieważ jego głównym zadaniem w tym wyścigu było pomaganie Hakkinenowi, czy też jak kto woli, przeszkadzanie Eddiemu Irvine'owi, Szkot za wszelką cenę nie chciał przepuścić Irlandczyka. Ten jednak w ostatnim momencie zdołał go wyprzedzić. Za Coulthardem znajdował się także Heinz-Harald Frentzen, ale ponieważ nie miał którędy wyminąć Szkota (po jego lewej stronie znajdował się Irvine, a po prawej Olivier Panis) musiał tam na razie pozostać. Na zamieszaniu tym najbardziej skorzystał wspomniany wyżej Panis, ponieważ wyprzedził zarówno Frentzena, Coultharda jak i Irvine'a awansując od razu na trzecią pozycję. Startujący z dziewiątej pozycji Ralf Schumacher także radził sobie niezgorsza i przed pierwszym zakrętem był już siódmy, po wyprzedzeniu Jarna Trullego i Johnny'ego Herberta. Ten ostatni miał niezbyt udany start, gdyż poza Ralfem wyprzedzili go dodatkowo Jean Alesi i Jacques Villeneuve. Jednak w trakcie pokonywania sekwencji zakrętów w kształcie litery "S" Herbert zdołał wyprzedzić Kanadyjczyka i znalazł się na dziesiątej pozycji. Startujący z szesnastej pozycji Alex Zanardi podobnie jak Panis wyprzedził na starcie trzech kierowców, a po przejechaniu kilku zakrętów wyprzedził dodatkowo Rubensa Barrichello i znalazł się na dwunastej pozycji. Niestety tuż po minięciu najostrzejszego zakrętu na torze w jego bolidzie włączył się ogranicznik prędkości używany w strefie boksów. Próby wyłączenia tego urządzenia doprowadziły do zgaśnięcia silnika i Włoch musiał zjechać z toru.

Po przejechaniu jednego okrążenia Hakkinen prowadził z blisko jednosekundową przewagą nad Michaelem Schumacherem. Za nim nadal znajdował się Panis mając ponad trzy sekundy straty do Hakkinena i chociaż jechał zdecydowanie wolniej od nich, był w stanie utrzymywać tempo jazdy znajdującego się za nim Irvine'a. Natomiast za Irlandczykiem podążał jak cień Coulthard. Po dwóch kolejnych okrążeniach Hakkinen oddalił się od Schumachera o cztery dziesiąte sekundy, a od Panisa o ponad trzy sekundy. Na czwartym okrążeniu z wyścigu wycofał się Jarno Trulli ze względu na awarię silnika. Po pięciu okrążeniach Panis miał ponad dwie sekundy przewagi nad Irvinem i wyglądało na to, że Irlandczyk nie jest w stanie mu zagrozić. Na dziewiątym okrążeniu jadący na przedostatniej pozycji Giancarlo Fisichella popełnił błąd i wypadł na chwilę z toru. Udało mu się jednak utrzymać panowanie nad bolidem i po chwili powrócił na tor.

Po dziesięciu okrążeniach Hakkinen miał blisko sześć sekund przewagi nad Michaelem Schumacherem, natomiast Irvine był już oddalony o ponad dwadzieścia jeden sekund od Fina, co w przeliczeniu na okrążenia oznaczało, że tracił ponad dwie sekundy na okrążeniu. Na piętnastym okrążeniu jadący na trzynastej pozycji (pech?) Damon Hill próbował zbyt szybko pokonać wiraż Spoon, wypadł z toru i po krótkiej przejażdżce poboczem powrócił na tor. Na tym samym okrążeniu do boksów zjechał Alexander Wurz. W chwilę później zjawił się tam również Hill, a na tor powrócił na ostatniej pozycji.

Pod koniec dziewiętnastego okrążenia do boksów zjechali Hakkinen, Panis i Frentzen. Hakkinen na tor powrócił na drugiej pozycji ze stratą jedenastu sekund do Michaela Schumachera. Na następnym okrążeniu Panis ponownie zjawił się w boksach, jednak tym razem jechał bardzo powoli, a po dojechaniu do stanowiska zespołu Prost Peugeot skręcił prosto do garażu. Przyczyną zakończenia udziału w ostatnim wyścigu sezonu 1999, który jest zarazem ostatnim wyścigiem Francuza w Formule Jeden (w przyszłym roku będzie uczestniczył w wyścigach samochodów turystycznych) była awaria silnika. Udało mu się przynajmniej pokazać, że nadal jest w stanie szybko jeździć i może dzięki temu zobaczymy go jeszcze kiedyś w tej serii. Pod koniec dwudziestego drugiego okrążenia do boksów zjechali Michael Schumacher i David Coulthard. Mika Hakkinen powtórnie znalazł się na prowadzeniu. Mniej więcej w tym momencie z wyścigu wycofał się Damon Hill. Nie jest zbyt efektowny sposób na zakończenie kariery dla mistrza świata z 1996 roku, ale cóż, tak to czasem bywa. Na następnym okrążeniu do boksów zjechał ostatni kierowca z czołówki, który jeszcze nie miał na swoim koncie ani jednego postoju, a był nim Irvine. Niestety na tor powrócił tuż za Coulthardem, który jak widać efektywnie wykorzystał ostanie okrążenie mając przed sobą pustą drogę i zyskał akurat tyle czasu, aby po postoju Irlandczyka znaleźć się tuż przed nim.

Po dwudziestu czterech okrążeniach Hakkinen prowadził z ponad siedmiosekundową przewagą nad Michaelem Schumacherem, który z kolei miał ponad trzydzieści jeden sekund przewagi nad jadącym na trzeciej pozycji Coulthardem. Po przejechaniu sześciu kolejnych okrążeń Schumacher zmniejszył przewagę Hakkinena do sześciu sekund. Coulthard oddalił się od Niemca o kolejne piętnaście sekund, a za Szkotem podążali w odstępach mniejszych od jednej sekundy Irvine, Frentzen i Ralf Schumacher. Pod koniec następnego okrążenia do boksów zjechał po raz drugi Frentzen. Na trzydziestym drugim okrążeniu z wyścigu wycofał się Marc Gene z powodu uszkodzenia skrzyni biegów. Na kolejnym okrążeniu w boksach zjawili się Irvine i Ralf Schumacher. Irvine na tor powrócił przed Frentzen, a Schumacher za.

Na trzydziestym piątym okrążeniu Coulthard na dojeździe do zakrętu Spoon, ale przed momentem hamowania wyjechał lewymi kołami poza białą linię, czego efektem był natychmiastowy poślizg. Następnie bolid uderzył w bandę, przez co odpadł cały przedni spojler, a po dokończeniu pełnego obrotu i krótkiej wycieczce po poboczu znalazł się ponownie na torze. Po tym zdarzeniu Coulthard niezwłocznie udał się do boksów, gdzie oprócz zmiany opon został wstawiony nowy spojler i po piętnastu sekundach Szkot znalazł się ponownie na torze ze stratą jednego okrążenia do Hakkinena. Okazało się jednak, że podczas uderzenia w bandę uszkodzeniu uległo coś jeszcze i Coulthard nie mógł już jechać z tą samą prędkością co wcześniej. Pech chciał, żeby w tym momencie znalazł się zaraz za nim Michael Schumacher, a jak łatwo się domyślić, Szkot nie chciał go przepuścić. Nie trwało to jednak zbyt długo, gdyż w miejscu, w którym na poprzednim okrążeniu wpadł w poślizg, postanowił przepuścić Niemca zjeżdżając na chwilę z optymalnego toru jazdy. Z tego wszystkiego Schumacher stracił około trzy i pół sekundy w stosunku do Hakkinena.

Pod koniec trzydziestego siódmego okrążenia Schumacher zjechał po raz drugi do boksów, a na kolejnym okrążeniu zjawił się tam również lider wyścigu, Hakkinen. Na następnym okrążeniu Schumacher znalazł się ponownie za Coulthardem, ale w tym przypadku nie było już mowy o jakimkolwiek blokowaniu, gdyż przy pierwszej lepszej okazji Szkot go przepuścił. Schumacher był jednak innego zdania (lub też chodziło mu o poprzednie zajście) i w czasie mijania Coultharda wygrażał mu pięścią. Pod koniec czterdziestego okrążenia Coulthard ostatecznie zrezygnował z dalszej jazdy i wjechał do boksów.

Na dziesięć okrążeń przed końcem wyścigu Hakkinen miał blisko dziesięć sekund przewagi nad Michaelem Schumacherem. Dwa okrążenia później z wyścigu odpadli Luca Badoer z powodu awarii silnika oraz Toranosuke Takagi z powodu awarii skrzyni biegów. Na cztery okrążenia przed końcem wyścigu Giancarlo Fisichella jako ostatni opuścił wyścig z powodu awarii silnika, ale ostatecznie został sklasyfikowany na czternastej pozycji i tak zakończył się wyścig o Grand Prix Japonii.