Michael Schumacher zdobył drugie z rzędu pole position w czasie kwalifikacji do ostatniego wyścigu sezonu 1999 na torze Suzuka w Japonii. Tym razem nie przyszło to jednak zbyt łatwo, gdyż zespół McLaren Mercedes wyciągnął wnioski z poprzedniej sesji kwalifikacyjnej i tym razem Mika Hakkinen był bardzo dobrze przygotowany. W połowie sesji obaj kierowcy uzyskali prawie identyczne czasy, a kilkanaście minut później Fin zdołał nawet pobić Niemca, ale ten po niedługim czasie ponownie uzyskał najlepszy czas okrążenia. Niestety Hakkinen nie mógł wykorzystać ostatniej szansy na wykręcenie dobrego okrążenia, gdyż tuż przed jego rozpoczęciem Jean Alesi pokrzyżował mu plany. Trudno jednak w tej sytuacji winić Francuza, ponieważ kończył w tym momencie swoje okrążenie pomiarowe i kiedy dojeżdżał do ostatniej szykany, natrafił tam na wolno jadącego Fina. Chcąc go wyminąć zablokował koła, ale kiedy znalazł się poza torem wpadł w poślizg i przeleciał tuż przed nosem Hakkinena. Ten z kolei chcąc uniknąć z nim zderzenia gwałtownie skręcił i także wpadł w poślizg. W rezultacie tego obaj kierowcy stracili szansę na poprawienie swych rezultatów. Z trzeciej pozycji do niedzielnego wyścigu wystartuje David Coulthard, co jest dosyć ważne, gdyż dzięki temu Hakkinen bedzię bardziej oddalony od Irvine'a, z którym walczy o tytuł mistrzowski, a od którego dzielą go cztery punkty w klasyfikacji generalnej. Sam Irvine wystartuje dopiero z piątej pozycji, jako że tuż przed zakończeniem sesji kwalifikacyjnej Heinz-Harald Frentzen wykręcił czas, który pozwolił mu na zajęcie czwartej pozycji. Jako usprawiedliwienie Irlandczyka można przyjąć fakt, że dziesięć minut przed końcem sesji miał groźny wypadek spowodowany awarią hamulców, po którym musiał skorzystać z zapasowego bolidu, ale z jakichś powodów nie był już w stanie poprawić swej pozycji startowej. Z szóstej i siódmej pozycji wystartują dwaj kierowcy z zespołu Prost Peugeot, Olivier Panis i Jarno Trulli, dla których jest to ostatni wyścig w barwach tego zespołu. W 2000 roku zespół ten będą reprezentować Nick Heidfeld (tegoroczny mistrz Formuły 3000) oraz Jean Alesi.