Jeszcze przed rozpoczęciem okrążenia rozgrzewającego w drodze na prostą startową Cristiano da Matta zauważył problem z przepustnicą w swoim bolidzie i szefostwo zespołu Toyota podjęło decyzję o użyciu zapasowego auta, co niestety wiązało się z koniecznością startu do wyścigu z linii boksów. Następnie podczas startu do okrążenia rozgrzewającego wysiadł również bolid Jacquesa Villeneuve'a i kierowca zespołu B.A.R w pośpiechu ruszył do boksów. Okazało się, że wadliwa elektryka bolidu doprowadziła do uszkodzenia skrzyni biegów, a ponieważ usterki tej nie dało się usunąć w krótkim czasie, Kanadyjczyk musiał zrezygnować z udziału w Grand Prix Malezji. Trzecim z kolei pechowcem był Giancarlo Fisichella – ze względu na puste miejsca na prostej startowej po bolidach da Matty i Villeneuve'a Włoch ustawił się na niewłaściwej pozycji po ukończeniu okrążenia rozgrzewającego. W powietrzu wisiało już przerwanie procedury startowej, jednak kierowca z zespołu Jordan zdołał w porę skorygować swój błąd, wykorzystując do tego celu serię manewrów z użyciem wstecznego biegu włącznie. Niestety cała ta operacja spowodowała zbytnie rozgrzanie się sprzęgła i po zgaśnięciu pięciu czerwonych świateł, sygnalizujących rozpoczęcie wyścigu, system kontroli startu w bolidzie Fisichelli odmówił posłuszeństwa. Dla Włocha był to już koniec udziału w tym wyścigu.

Fernando Alonso wystartował bardzo dobrze i bez najmniejszych problemów utrzymał prowadzenie do pierwszego zakrętu. Tymczasem drugi kierowca Renault – Jarno Trulli znalazł się pod presją ze strony Davida Coultharda, który tuż po starcie wyprzedził Michaela Schumachera i przymierzał się do również do odebrania drugiej pozycji Włochowi. Kierowca z zespołu McLaren postanowił jednak nie podejmować zbytniego ryzyka w tym momencie i hamowanie przed pierwszym zakrętem rozpoczął wcześniej od Trullego. Moment ten Michael Schumacher wykorzystał do zrównania się tuż przed zakrętem z bolidem Szkota, a następnie próbował objechać go po zewnętrznej stronie wirażu. Sztuka ta powiodłaby się w pełni kierowcy Ferrari, gdyby nie fakt, że opóźnił zbytnio hamowanie przed następującym bezpośrednio po pierwszym zakręcie drugim wirażu w przeciwną (lewą) stronę, co doprowadziło do kolizji z Trullim. Prowadzony przez Włocha bolid Renault wpadł w poślizg, omal nie uderzając w jadącego obok Coultharda. Szkot szczęśliwie uniknął jednak zderzenia i ruszył w pościg za Alonso na drugiej pozycji, natomiast starszy z braci Schumacherów został zmuszony do ominięcia wypadającego z toru Trullego poboczem, co oczywiście wiązało się z stratą wielu miejsc. Na domiar złego startujący z piątej pozycji drugi kierowca Ferrari – Rubens Barrichello także miał kłopoty z wyminięciem bolidu Renault i w efekcie został wyprzedzony przez Nicka Heidfelda (Sauber), Kimiego Raikkonena (McLaren), Juana Pablo Montoyę (Williams) oraz Jensona Buttona (B.A.R) i spadł na siódmą pozycję.

W tym momencie nastąpiła kolejna kolizja tuż przed drugim zakrętem, spowodowana tym razem przez startującego z 13 pozycji kierowcę z zespołu Jaguar – Antonio Pizzonię. Brazylijczyk całkiem przegapił moment hamowania i z impetem uderzył w tył bolidu Montoi, powodując uszkodzenie przedniego w swoim, a tylnego w bolidzie Williams spojlera. Nie była to jednak pierwsza kolizja, w której uczestniczył Pizzonia, ponieważ jeszcze pod koniec prostej startowej doszło do niewielkiej stłuczki pomiędzy nim, a próbującym wyprzedzić go Josem Verstappenem. Co prawda nie spowodowała ona żadnych uszkodzeń, jednak pech Holendra polegał na tym, iż kierowca z zespołu Jaguar uderzył w jego bolid zaraz po kolizji z Montoyą, powodując uszkodzenie tylnego skrzydła w bolidzie Minardi. W tym momencie powstało spore zamieszanie na drugim zakręcie, z którego w pierwszej kolejności skorzystał Button, wyprzedzając Montoyę i Raikkonena, by awansować na piątą pozycję. Za Barrichello na ósmej pozycji znalazł się Olivier Panis (Toyota), natomiast na dziewiątą pozycję awansował kierowca, który najbardziej skorzystał na całym zamieszaniu – Justin Wilson (Minardi). Na kolejnych pozycjach po wyminięciu Michaela Schumachera i Trullego jazdę kontynuowali Mark Webber (Jaguar), Ralf Schumacher (Williams), Pizzonia, Ralph Firman (Jordan), Verstappen i Cristiano da Matta (Toyota), który wystartował z linii boksów. Tymczasem za Trullim na ostatniej (18) pozycji znalazł się Heinz-Harald Frentzen (Sauber), ponieważ ze względu na kłopoty z wrzuceniem pierwszego biegu długo nie mógł ruszyć z miejsca tuż po starcie.

Tuż przed czwartym zakrętem Raikkonen wyprzedził Buttona i awansował na czwartą pozycję. W dalszej części pierwszego okrążenia jadący wolniej od pozostałych kierowców ze względu na brak tylnego spojlera Montoya został wyprzedzony przez Barrichello, Panisa, Wilsona, Ralfa Schumachera oraz Webbera i spadł na 11 pozycję. Ponadto Pizzonia i Verstappen zostali wyprzedzeni przez Firmana, da Mattę, Michaela Schumachera oraz Trullego. Następnie uczestnicy pierwszej kolizji przed drugim zakrętem wyprzedzili kierowcę Toyoty i znaleźli się kolejno na 13 i 14 pozycji. Pod koniec pierwszego okrążenia do boksów zjechali Montoya, Pizzonia oraz Verstappen. W tym momencie na pozycje od 11 do 15 awansowali Firman, Michael Schumacher, Trulli, da Matta i Frentzen. Najkrócej trwała naprawa bolidu Jaguar i Pizzonia jako pierwszy powrócił do wyścigu na 16 pozycji. Na drugim okrążeniu Michael Schumacher wyprzedził Firmana i znalazł się na 11 pozycji. Pod koniec tego okrążenia Raikkonen zbliżył się do Heidfelda i wykorzystując drobny błąd Niemca na ostatnim zakręcie bez trudu wyminął go na prostej startowej, by znaleźć się tuż za partnerem z zespołu McLaren na trzeciej pozycji. W chwilę później Panis próbował wyprzedzić Barrichello, jednak ten w zdecydowany sposób zajechał mu drogę i utrzymał się na szóstej pozycji.

Na trzecim okrążeniu jadącego na drugiej pozycji Coultharda dosyć niespodziewanie z wyścigu wyeliminowała awaria elektryki. W międzyczasie Verstappen wyjechał z boksów na 17 pozycji, mając już blisko dwa okrążenia straty do lidera. Tymczasem pod koniec trzeciego okrążenia Michael Schumacher także odbył postój w boksach, ponieważ okazało się, iż przednie skrzydło bolidu Ferrari zostało jednak lekko uszkodzone podczas kolizji z Trullim. W trakcie trwającej zaledwie 10 sekund wymiany spojlera Niemiec został wyprzedzony przez Firmana, da Mattę oraz Frentzena i na tor powrócił na 14 pozycji. Kilkanaście sekund później boksy opuścił ostatni kierowca, którego bolid ucierpiał na pierwszym okrążeniu i którego naprawa trwała zdecydowanie najdłużej. Mowa oczywiście o Montoi, który po powrocie na tor zajmował ostatnią pozycję, mając już trzy okrążenia straty do lidera. Na czwartym okrążeniu Wilson został wyprzedzony przez Ralfa Schumachera oraz Webbera i spadł na dziewiątą pozycję. Na kolejnym okrążeniu dwa miejsca stracił również Button, a wyprzedzili go Barrichello i Panis. Ponadto Trulli wyprzedził Wilsona i przesunął się na dziewiątą pozycję. Na dziewiątym okrążeniu Włoch wyprzedził również Webbera i był już ósmy. Pod koniec tego okrążenia Michael Schumacher zaliczył karny przejazd przez strefę boksów za spowodowanie możliwej do uniknięcia kolizji z Trullim. Po powrocie na tor Niemiec nadal zajmował 14 pozycję. Na następnym okrążeniu drugi kierowca Ferrari – Barrichello awansował na trzecią pozycję po wyprzedzeniu Heidfelda.

Po dziesięciu okrążeniach przewaga dotychczasowego lidera – Alonso nad Raikkonenem wynosiła cztery sekundy. Pod koniec 12 okrążenia pierwszy postój w boksach zaliczył jadący na piątej pozycji Panis. Po powrocie na tor Francuz znalazł się na 11 pozycji, ale po chwili udało mu się wyprzedzić Firmana i w ten sposób powrócił do pierwszej dziesiątki. Niestety w chwilę później w jego bolidzie awarii uległ układ paliwowy i w ten sposób w wyścigu pozostał już tylko jeden kierowca Toyoty. Oprócz Panisa na 12 okrążeniu tankowanie paliwa i zmianę opon zaliczył również jadący na przedostatniej pozycji Verstappen, a pod koniec następnego okrążenia w boksach pojawili się dwaj kolejni kierowcy: Heidfeld i Wilson. Postój kierowcy z zespołu Sauber przedłużył się znacznie, ponieważ w jego bolidzie zgasł silnik i ponowne uruchomienie go zabrało mechanikom ze szwajcarskiej stajni sporo czasu. Z tego powodu Niemiec stracił aż siedem miejsc i po powrocie na tor był jedenasty, natomiast Wilson po postoju znalazł się na 13 pozycji. Na kolejnym okrążeniu nastąpiła zmiana na prowadzeniu, gdyż dotychczasowy lider – Alonso odbył pierwszy postój w boksach. W trakcie postoju Hiszpan został wyprzedzony przez Raikkonena, Barrichello oraz Buttona i spadł na czwartą pozycję. Od 15 do 17 okrążenia postoje w boksach zaliczyli również Webber, Trulli, Button, da Matta i Frentzen. Na trzecią i czwartą pozycję awansowali w tym momencie Alonso i Ralf Schumacher, natomiast Button na tor powrócił na piątej pozycji. Przed Trullim na szóstej pozycji znalazł się Firman, a za kierowcą Renault podążali Heidfeld i Michael Schumacher. Da Matta po postoju zamykał pierwszą dziesiątkę, natomiast Webber i Frentzen po przedłużonych do ponad 20 sekund ze względu na zgaśnięcie silników postojach jazdę kontynuowali na 11 i 12 pozycji.

Pod koniec 19 okrążenia pierwszy postój w boksach zaliczył Raikkonen. Prowadzenie objął w tym momencie Barrichello, natomiast Fin dzięki późniejszemu o pięć okrążeń w stosunku do Alonso postojowi na tor powrócił przed kierowcą Renault na drugiej pozycji. Na kolejnym okrążeniu Montoya wyprzedził Verstappena i awansował na 15 pozycję. Tymczasem zacięty pojedynek o szóstą pozycję toczyli między sobą Firman i Trulli. Na początku 21 okrążenia Włoch zdołał nawet na chwilę wyprzedzić kierowcę z zespołu Jordan, jednak ten spokojnie wykorzystał fakt, iż Trulli opóźnił zbytnio hamowanie przed pierwszym zakrętem i jak gdyby nigdy nic odzyskał szóstą pozycję. W międzyczasie boksy odwiedzali jadący na czwartej oraz na 14 pozycji Ralf Schumacher i Pizzonia. Obaj kierowcy po postojach nadal zajmowali te same pozycje. Na 22 okrążeniu tankowanie paliwa oraz zmianę opon zaliczyli Barrichello i Firman. Brazylijczyk w trakcie postoju został wyprzedzony przez Raikkonena oraz Alonso i znalazł się ponownie na trzeciej pozycji, natomiast Firman po trwającym aż 15 sekund postoju, po którym w dodatku trzej mechanicy z zespołu Jordan musieli pomóc mu zapalić silnik na pych, na tor powrócił na 12 pozycji. Na pozycje od szóstej do jedenastej awansowali w tym momencie Trulli, Heidfeld, Michael Schumacher, da Matta, Webber i Frentzen. Pierwszą rundę planowych postojów zakończyła na 26 okrążeniu już trzecia w tym wyścigu wizyta w boksach Michaela Schumachera. Niemiec w trakcie tego postoju został wyprzedzony przez da Mattę oraz Webbera i spadł na dziesiątą pozycję.

Pod koniec 31 okrążenia jedyny planowany, a w sumie już drugi postój w boksach odbył jadący na przedostatniej pozycji Montoya. Po powrocie na tor Kolumbijczyk nadal zajmował przedostatnią pozycję. Trzy okrążenia później drugą rundę planowych postojów zapoczątkowali Button, Heidfeld, da Matta i Verstappen. Na 35 i 36 okrążeniu boksy odwiedzali również Alonso, Trulli i Frentzen. W trakcie postoju Alonso został wyprzedzony przez Barrichello i spadł na trzecią pozycję. Button i Trulli po zaliczeniu drugich postojów nadal zajmowali piątą i szóstą pozycję, przy czym postój kierowcy Renault przedłużył się do ponad 20 sekund ze względu na problemy z otworzeniem wlewu paliwa. Michael Schumacher korzystając z postojów Heidfelda, da Matty i Frentzena oraz z wycofania się z wyścigu jadącego do tej pory na dziewiątej pozycji Webbera awansował na siódmą pozycję. Heidfeld i da Matta w wyniku drugiej rundy postojów stracili tylko po jednej pozycji, natomiast Frentzena w trakcie drugiego postoju poza Michaelem Schumacherem zdołał dodatkowo wyprzedzić Firman, który jedyny postój w tym wyścigu odbył na 22 okrążeniu i teraz awansował do pierwszej dziesiątki. Tymczasem Verstappen po trzecim postoju nadal zajmował ostatnią pozycję. Na 37 okrążeniu drugi kierowca z zespołu Minardi – Wilson został wyprzedzony przez Pizzonię i spadł na 13 pozycję, ponieważ ból spowodowany uciskiem obluzowanego systemu HANS zaczął utrudniać mu jazdę.

Na 38 okrążeniu Barrichello zaliczył drugi i zarazem ostatni postój w tym wyścigu. Brazylijczyk na tor zdołał powrócić przed Alonso, ponieważ podobnie jak Raikkonen podczas pierwszej rundy postojów dzięki późniejszemu o kilka okrążeń zjazdowi do boksów zyskał wystarczająco dużą przewagę, aby utrzymać się przed Hiszpanem na drugiej pozycji. Na przestrzeni dwóch kolejnych okrążeń drugie planowane postoje w boksach odbyli Pizzonia, Raikkonen i Ralf Schumacher. Po powrocie na tor kierowcy ci nadal zajmowali te same pozycje, czyli odpowiednio dwunastą – Pizzonia, pierwszą – Raikkonen oraz czwartą – Ralf Schumacher. Na początku 41 okrążenia starszy z braci Schumacherów – Michael wykorzystał walkę o piątą pozycję pomiędzy Buttonem i Trullim do wyprzedzenia kierowcy Renault, który z całej trójki dysponował najmniejszą prędkością na prostej. Następnie pod koniec ostatniej prostej Niemiec wyprzedził również kierowcę z zespołu B.A.R, awansując w ten sposób na piątą pozycję. Pod koniec kolejnego okrążenia Wilson zrezygnował w końcu z dalszej jazdy, ponieważ powoli zaczynał tracić czucie w rękach. Z tego powodu postawny Brytyjczyk miał również kłopoty z wydostaniem się z kokpitu bolidu Minardi, nawet z pomocą mechaników. Następnie został przetransportowany do pobliskiego szpitala, gdzie otrzymał środki uśmierzające ból.

Pod koniec 43 okrążenia ostatnie tankowanie paliwa i zmianę opon w tym wyścigu zaliczył Michael Schumacher. Po czwartej z kolei wizycie w boksach Niemiec znalazł się ponownie za walczącą zaciekle o piątą pozycję parą kierowców – Buttonem i Trullim. W chwilę później podczas hamowania przed ostatnim zakrętem Pizzonia wpadł w poślizg i wylądował na środku żwirowiska, skąd nie udało mu się już wyjechać. Brazylijczyk zajmował do tego momentu dwunastą pozycję. Ostatnim kierowcą, który odwiedzał w tym wyścigu boksy był da Matta, a miało to miejsce pod koniec 49 okrążenia. Postój ten podyktowany był obawą o wystąpienie problemów z układem paliwowym, który przy niewielkiej ilości paliwa w baku miał tendencję do nieprawidłowego działania. Po powrocie na tor kierowca Toyoty znalazł się za Firmanem i Frentzenem na 11 pozycji. Pięć okrążeń przed końcem wyścigu Trulli zaliczył poślizg na ostatnim zakręcie. Umożliwiło to Michaelowi Schumacherowi dogonienie Włocha i próbę wyprzedzenia go pod koniec prostej startowej, aczkolwiek nieudaną. Na ostatnim okrążeniu Button popełnił błąd, który kosztował go utratę dwóch pozycji na rzecz Trullego i Michaela Schumachera. Ponadto na ostatnim kółku Frentzen zdołał wyprzedzić Firmana i dzięki temu wyścig ukończył na dziewiątej pozycji.