Przeniesione z soboty na niedzielę rano kwalifikacje do tegorocznego wyścigu o Grand Prix Japonii, do czego przyczyniło się spodziewane przejście tajfunu Ma-On nad torem Suzuka, przyniosły dosyć nieoczekiwaną kolejność startową. Było to związane z faktem, iż podczas pierwszej sesji kwalifikacyjnej tor był jeszcze dosyć mokry, ale warunki poprawiały się z każdą minutą i wiele zależało od tego, w którym momencie dany kierowca wyjeżdżał na tor. Najlepszym przykładem może być najlepszy czas uzyskany przez debiutującego w barwach Toyoty Jarno Trullego, który jako ostatni zaliczył okrążenie pomiarowe podczas pierwszej sesji, uzyskując lepszy o ponad pół sekundy czas od Michaela Schumachera (Ferrari). Ponadto dosyć wysoko uplasowali się Mark Webber (Jaguar) i Olivier Panis (Toyota). Trudne warunki pochłonęły tylko jedną ofiarę, a był nią Zsolt Baumgartner. Kierowca Minardi wpadł w poślizg na zakręcie znajdującym się tuż pod mostem i ugrzązł na środku żwirowiska.

Po zakończeniu pierwszej sesji na torze widoczne już były suche fragmenty asfaltu, jednak w wielu miejscach było jeszcze mokro, a że tor dosyć szybko wysychał, nadal bardzo istotny był moment wyjazdu na tor – im później, tym lepiej. Jako jeden z pierwszych kierowców okrążenie pomiarowe zaliczył Juan Pablo Montoya, który w pierwszej sesji uzyskał bardzo słaby czas ze względu na nieodpowiedni dobór ciśnienia w oponach. W tej sytuacji Kolumbijczyk postanowił zaryzykować jazdę na zwykłych oponach rowkowanych i trzeba przyznać, że jak na panujące warunki poradził sobie całkiem nieźle. Efektem tego była 13 pozycja startowa, wywalczona przez kierowcę Williamsa. Montoya znalazł się w dosyć doborowym towarzystwie, gdyż tuż przed nim znaleźli się Fernando Alonso (Renault) i Kimi Raikkonen (McLaren), a na 15 pozycji wylądował Rubens Barrichello (Ferrari), który popełnił poważny błąd podczas pokonywania szykany.

Problemów z jazdą po wysychającym torze nie mieli jednak bracia Michael i Ralf Schumacherowie, plasując się na czołowych pozycjach. W przypadku Ralfa sporą rolę odegrał fakt, iż kierowca Williamsa do pierwszej sesji przystąpił jako jeden z ostatnich kierowców (dzięki kolizji z Davidem Coulthardem w ostatnim wyścigu) i w ten sposób zapewnił sobie dosyć późny wyjazd na tor w finałowej sesji kwalifikacyjnej, czego efektem była druga pozycja startowa. Szansy nie zmarnowali także Webber i Trulli, kwalifikując się odpowiednio na czwartej i szóstej pozycji – Włoch nie mógł sobie chyba wymarzyć lepszego debiutu w Toyocie. Kierowcy z zespołu B.A.R – Takuma Sato i Jenson Button uzyskali czwarty i piąty czas, godnie reprezentując Hondę podczas kwalifikacji do domowego wyścigu. Szczególnie zadowolony ze swoje postawy mógł być Sato, gdyż przed własną publicznością udało mu się pokonać bardziej doświadczonego partnera.

Pierwszą dziesiątkę zamknęli Giancarlo Fisichella (Sauber), Coulthard (McLaren), Jacques Villeneuve (Kanadyjczyk pomimo słabej znajomości bolidu Renault R24 w niezbyt idealnych warunkach do jazdy uzyskał lepszy czas od głównego kierowcy francuskiej stajni – Alonso) i Olivier Panis (Toyota). Drugi kierowca Jaguara – Christian Klien zakwalifikował się na 14 pozycji, natomiast z ostatnich pozycji wyścig będą musieli rozpocząć kierowcy z zespołów Jordan i Minardi, a także Felipe Massa (Sauber), który wypadł z toru na okrążeniu pomiarowym i zrezygnował z ukończenia go, wracając od razu do boksów.