Ze względu na wymianę silnika po zakończeniu kwalifikacji Zsolt Baumgartner (Minardi) został przesunięty na ostatnią pozycję startową. Dzięki temu dwaj inni kierowcy, którzy zmianę silnika zaliczyli w piątek – Nick Heidfeld (Jordan) i Kimi Raikkonen (McLaren) zyskali po jednej pozycji jeszcze przed rozpoczęciem wyścigu. Podczas startu do okrążenia rozgrzewającego problemy z elektroniką uniemożliwiły ruszenie z miejsca drugiemu kierowcy z zespołu Minardi – Gianmarii Bruniemu. Bolid Włocha został zapchany do boksów, natomiast Heidfeld, Raikkonen i Baumgartner przesunęli się kolejno na 17, 18 i 19 pozycję.

Kierowcy Ferrari – Michael Schumacher oraz Rubens Barrichello wystartowali na tyle dobrze, iż udało im się utrzymać na czołowych pozycjach. Co prawda obaj kierowcy trochę za bardzo się zapędzili i musieli ratować się gwałtownym hamowaniem przed pierwszym zakrętem, ale obyło się bez większych dramatów. Na trzeciej pozycji utrzymał się Juan Pablo Montoya, przy czym kierowca z zespołu Williams musiał uważać na Jarno Trullego, który po znakomitym starcie z siódmej pozycji (bolidy Renault nadal wiodą prym pod tym względem) zdołał go prawie dopaść przed pierwszym zakrętem. Włoch musiał jednak poprzestać na piątej pozycji, gdyż jadący po wewnętrznej stronie Takuma Sato (B.A.R) stał się szczęśliwym posiadaczem czwartego miejsca. Obaj kierowcy tuż po starcie wyprzedzili Ralfa Schumachera (Williams), a ponadto Trulli wyminął partnera Sato – Jensona Buttona, który spadł aż na ósmą pozycję, gdyż przed nim znalazł się również Cristiano da Matta (Toyoty). Brazylijczyk wyprzedził swojego partnera – Oliviera Panisa, którego na prostej startowej zdołał również wyminąć David Coulthard (McLaren), awansując w ten sposób na dziewiątą pozycję. Giancarlo Fisichella utrzymał się na 11 pozycji, a tuż za nim znalazł się drugi kierowca z zespołu Sauber – Felipe Massa, gdyż udało mu się wyprzedzić Christiana Kliena (Jaguar). Partner Kliena – Mark Webber utrzymał się na 14 pozycji, natomiast na ostatnich miejscach znaleźli się Raikkonen, Fernando Alonso (Renault), kierowcy z zespołu Jordan – Heidfeld oraz Giorgio Pantano i na samym końcu Baumgartner (Bruni nadal pozostawał w boksach).

Pod koniec drugiej prostej Ralf Schumacher wyprzedził Trullego i awansował na piątą pozycję, natomiast da Matta został wyprzedzony Buttona oraz Coultharda i spadł na dziewiątą pozycję. Z kolei Webber wyprzedził zarówno swojego partnera, jak i kierowców z zespołu Sauber i przesunął się na 11 pozycję. Raikkonen także zdołał wyminąć Kliena, który ostatecznie wylądował na 15 pozycji. Podczas pokonywania najostrzejszego wirażu (zakręt nr 8) da Matta wypadł na chwilę z toru, gdyż najwyraźniej chciał koniecznie przejechać po znajdującej się w tym właśnie miejscu reklamie Toyoty. Oczywiście był to wynik nieudanej próby odzyskania ósmej pozycji, utraconej chwilę wcześniej na rzecz Coultharda. Kosztowało to Brazylijczyka spadek aż na 13 pozycję, a przed nim znaleźli się Panis, Webber, Fisichella i Massa. Tymczasem o bolid jadącego na 15 pozycji Kliena zaczepił Alonso, tracąc w efekcie przednie skrzydło ze swojego auta. Moment ten Heidfeld wykorzystał do wyprzedzenia obydwu kierowców i awansowania na 15 pozycję. W chwilę później Panis wyprzedził Coultharda i dzięki temu powrócił na swoją pierwotną pozycję startową (8), natomiast Alonso został wyprzedzony przez Pantano oraz Baumgartnera i spadł na ostatnie miejsce. Na ostatniej prostej Klien zdołał odzyskać 15 pozycję, utraconą wcześniej na rzecz Heidfelda.

Tuż po rozpoczęciu drugiego okrążenia Webber wyprzedził Coultharda i awansował na dziewiątą pozycję. Następnie zaraz przed pierwszym zakrętem da Matta odzyskał jedną z czterech pozycji utraconych w wyniku błędu popełnionego na pierwszym okrążeniu, wyprzedzając Massę. W międzyczasie Alonso zjechał do boksów po nowy przedni spojler. Ponadto mechanicy z zespołu Renault uzupełnili zapas paliwa w bolidzie Hiszpana i w dalszej części wyścigu czekały go już tylko dwa postoje. Po powrocie na tor Alonso miał już blisko minutę straty do lidera i znajdował się na 19 pozycji. Pod koniec drugiego okrążenia boksy opuścił w końcu Bruni, jednak wkrótce został zdublowany przez Michaela Schumachera i to oznaczało stratę dwóch okrążeń do lidera. W międzyczasie Klien przystąpił do ofensywy i na krok nie odstępował jadącego przed nim Raikkonena. Pierwsza próba wyprzedzania nastąpiła na trzecim okrążeniu, jednak Austriak opóźnił zbytnio hamowanie przed ósmym zakrętem i ponownie znalazł się kierowcą z zespołu McLaren. Kolejny atak nastąpił na początku piątego okrążenia i znowu powtórzyła się ta sama sytuacja – zbyt późne hamowanie połączone ze zjechaniem z optymalnego toru jazdy i Fin nadal był czternasty.

Na szóstym okrążeniu przyszła kolej na walkę pomiędzy Sato i Ralfem Schumacherem o czwartą pozycję. Pierwsze podejście miało tylko na celu pokazanie Japończykowi, iż kierowca z zespołu Williams jedzie tuż zanim. Dopiero na kolejnym okrążeniu pod koniec prostej startowej nastąpił właściwy atak. Obaj kierowcy w pierwszy zakręt wjechali jadąc obok siebie – Sato znajdował się po wewnętrznej stronie. Kolejny zakręt był w przeciwną stronę (w lewo), jednak Ralf Schumacher uznał, iż należy mu się pierwszeństwo jazdy i nie bacząc na obecność bolidu B.A.R zaczął w niego skręcać. Japończyk nie miał gdzie uciec i doszło do zderzenia kołami, w wyniku którego bolid prowadzony przez młodszego z braci Schumacherów wpadł w poślizg. Sato nie stracił panowania nad swoim autem, ale został wyprzedzony przez Trullego i spadł na piątą pozycję. Tymczasem kierowca z zespołu Williams podejrzewając uszkodzenie zawieszenia zwolnił tempo jazdy i zmierzał do boksów. W międzyczasie pierwszą rundę postojów zapoczątkował Panis, zaliczając postój pod koniec szóstego okrążenia.

Do 13 okrążenia po jednym postoju na swoim koncie mieli już wszyscy kierowcy z wyjątkiem jadącego na ostatniej pozycji Bruniego oraz Raikkonena, którego na ósmym okrążeniu z walki wyeliminowała spektakularna awaria silnika. Po zakończeniu pierwszej rundy postojów w pierwszej szóstce nie nastąpiły żadne zmiany. Michael Schumacher nadal znajdował się na prowadzeniu i miał już ponad 11 sekund przewagi nad Barrichello, który ze względu na problemy podczas postoju stracił około pięć sekund. W dodatku mechanicy Ferrari zbyt szybko pozwolili mu na opuszczenie stanowiska serwisowego i o mały włos nie doszło do kolizji z nadjeżdżającym Trullim. Za ten incydent włoska stajnia została później ukarana grzywną. Trzeci Montoya miał 15 sekund straty do lidera, natomiast kolejni trzej kierowcy – Trulli, Sato i Button mieli odpowiednio 22, 26 i 28 sekund straty. Tymczasem na siódmą pozycję awansował Coulthard, przeskakując podczas pierwszej serii postojów Panisa, Webbera i Ralfa Schumachera. Panis ostatecznie wylądował na 10 pozycji, gdyż przed nim znaleźli się również Webber i Fisichella. Tuż Francuzem znalazł się jego partner – da Matta, natomiast na 12 pozycję awansował Klien, któremu na 12 okrążeniu udało się wyprzedzić Massę. Alonso, który nie wziął udziału w tej rundzie postojów, przesunął się na 14 pozycję, a dopiero tuż za nim wylądował ostatecznie Ralf Schumacher (jego bolid mimo wszystko nie został uszkodzony). Na ostatnich czterech pozycjach jazdę kontynuowali kierowcy z zespołów Jordan i Minardi.

Na 16 okrążeniu jadący na 12 pozycji Klien wpadł w poślizg podczas hamowania i po zaliczeniu obrotu o 180 stopni znalazł się na chwilę poza torem. Betonowe pobocze umożliwiło mu łatwy powrót na tor, jednak zanim to się stało, Austriaka wyprzedzili Massa, Alonso i Ralf Schumacher. Na kolejnym okrążeniu błąd popełnił również Sato, najeżdżając za bardzo na krawężnik na jednym z szybszych zakrętów, co spowodowało uszkodzenie przedniego spojlera. Japończyk od razu został wyprzedzony przez kolegę z zespołu – Buttona i spadł na szóste miejsce, a pod koniec 18 okrążenia zjechał do boksów po nowy spojler. Tym samym kierowca z zespołu B.A.R zapoczątkował drugą rundę postojów, która zakończyła się na 27 okrążeniu. Tym razem tylko pierwsza piątką utrzymała się na swoich pozycjach: Michael Schumacher, Barrichello (12 s. straty), Montoya (19 s. straty), Trulli (25 s. straty) i Button (28 s. straty), natomiast na szóstą pozycję awansował Coulthard, przeskakując podczas drugiej rundy postojów Sato. Webber utrzymał się na dziewiątej pozycji, a tuż za nim znalazł się Alonso, który tuż przed drugim postojem po zaciętej walce zdołał wyprzedzić Massę. Ponadto Hiszpan podczas drugiej serii postojów przeskoczył obydwu kierowców Toyoty i Fisichellę, który wylądował pomiędzy Panisem i da Mattą na 11 pozycji. Ralf Schumacher także zdołał wyprzedzić Massę i znalazł się tuż przed Brazylijczykiem na 13 pozycji. Na 15 pozycję awansował tymczasem Heidfeld, gdyż nie wziął udziału w drugiej rundzie postojów i dzięki temu udało mu się przeskoczyć Kliena. Na ostatnich pozycjach nadal znajdowali się Pantano, Baumgartner i Bruni, który dopiero na 28 okrążenia zaliczył pierwszy rutynowy postój w boksach.

Na 28 okrążeniu rozgorzała emocjonująca walka o ostatnie punktowane miejsce pomiędzy Webberem i Alonso. Hiszpan był wyraźnie szybszy od kierowcy Jaguara, jednak ten wszelkimi możliwymi sposobami (wliczając w to niemal jazdę zygzakiem) starał się nie dopuścić do utraty ósmej pozycji. Udawało mu się to aż do 31 okrążenia, kiedy to drobny błąd popełniony na pierwszym zakręcie umożliwił w końcu Alonso awans na ósme miejsce. Na tym samym okrążeniu nastąpiło również rozstrzygnięcie pojedynku pomiędzy Fisichellą i Ralfem Schumacherem o 11 pozycję. Tuż przed trzecim zakrętem Niemiec próbował wyprzedzić kierowcę z zespołu Sauber, ale nie zdołał się z nim zrównać i powinien ustąpić. Niestety nie uczynił tego i po zaczepieniu przednim spojlerem o tylne koło bolidu prowadzonego przez Włocha wprawił go w poślizg. Ralf pojechał dalej, natomiast Fisichella został dodatkowo wyprzedzony przez da Mattą i znalazł się na 13 pozycji. Tymczasem na początku 33 okrążenia Sato w jak najbardziej odpowiedni i zarazem efektowny sposób wyprzedził Coultharda i awansował na szóstą pozycję. Obaj kierowcy pierwszy zakręt pokonali jadąc obok siebie i co najważniejsze, zostawili sobie nawzajem odpowiednią ilość miejsca do bezpiecznego pokonania drugiego zakrętu, po którym Sato znajdował się już przed Szkotem.

Na 35 okrążeniu Heidfeld zaliczył drugi i zarazem ostatni postój w boksach, podczas którego został wyprzedzony przez Kliena oraz partnera z zespołu Jordan – Pantano i znalazł się na 17 pozycji. Dwa okrążenia później Sato zapoczątkował trzecią i zarazem ostatnią rundę postojów w boksach w tym wyścigu. Trwała ona do 45 okrążenia włącznie i przyniosła przede wszystkim zmianę na czwartej pozycji, na którą po przeskoczeniu Trullego awansował Button. Tymczasem na trzech czołowych pozycjach nadal znajdowali się Michael Schumacher, Barrichello (9 s. straty) i Montoya (23 s. straty). Sato utrzymał się na szóstej pozycji, a tuż za nim znalazł się Alonso, który podczas ostatniej serii postojów przeskoczył Coultharda. Z kolei Ralf Schumacher dzięki najbardziej opóźnionemu postojowi wyprzedził Panisa oraz Webbera i awansował na dziewiątą pozycję. Na pozycjach od 12 do 19 podążali da Matta oraz parami kierowcy z zespołów Sauber, Jordan i Minardi.

Na 47 okrążeniu awaria silnika wyeliminowała z wyścigu jadącego na przedostatniej pozycji Baumgartnera. Następnie problemy techniczne dopadły jadącego na trzeciej pozycji Montoyę, który ze względu na awarię skrzyni biegów wyraźnie zwolnił tempo i na 49 okrążeniu został wyprzedzony przez Buttona. Kolejnym pechowcem był Coulthard, który na 50 okrążeniu zjechał do boksów. Mechanicy z zespołu McLaren nie byli jednak w stanie nic poradzić na utratę powietrza z układu pneumatycznego silnika i Szkot wycofał się z wyścigu. Na ostatnią punktowaną pozycję awansował w tym momencie Ralf Schumacher. W międzyczasie Montoya został wyprzedzony przez Trullego, a do 54 okrążenia przed Kolumbijczykiem znaleźli się również Sato, Alonso i Ralf Schumacher. Do zdobycia punktu zabrakło zaledwie jednego okrążenia, gdyż na ostatnim kółku kierowca z zespołu Williams został wyprzedzony przez Webbera oraz reprezentantów zespołów Toyota i Sauber, by ostatecznie linię mety przekroczyć na 13 pozycji.

Na ostatnich okrążeniach Sato i Alonso toczyli zaciętą walkę o piąte miejsce, ale nie przyniosła ona zmiany w kolejności kierowców i tak zakończył się pierwszy wyścig na nowym torze w Bahrajnie, który pomimo totalnej dominacji Ferrari był dosyć ciekawy.