Przed rozpoczęciem wyścigu organizatorzy ogłosili zmianę warunków pogodowych, zezwalając tym samym zespołom na założenie opon do jazdy po mokrej nawierzchni i dostosowanie ustawień bolidów do śliskiego toru. Niemal wszyscy kierowcy zdecydowali się na start na przejściowych oponach (intermediates). Wyjątek stanowili tylko reprezentanci Minardi, Robert Doornbos i Christijan Albers, którzy w ostatnim momencie postanowili zmienić opony na pełne deszczowe i czekał ich start z linii boksów.

Juan Pablo Montoya wystartował bardzo dobrze i bez problemu utrzymał się na pierwszej pozycji. Drugi kierowca McLarena, Kimi Raikkonen, miał nieco mniej udany start i tuż przed pierwszym zakrętem (La Source) został zaatakowany przez startujących z drugiego rzędu Jarno Trullego (Toyota) i Fernando Alonso (Renault). Ten pierwszy zdołał zapewnić sobie wewnętrzny tor jazdy na zakręcie i gdy wydawało się, że awansuje na drugą pozycję, Raikkonen okazał się szybszy na wyjściu z zakrętu i dzięki temu ponownie znalazł się tuż za Montoyą. Tymczasem Alonso postanowił nie ryzykować zbytnio i z ataku zrezygnował jeszcze przed samym zakrętem, pozostając na czwartej pozycji. Na kolejnych czterech pozycjach utrzymali się Ralf Schumacher (Toyota), Michael Schumacher (Ferrari), Felipe Massa (Sauber) i Jenson Button (B.A.R), a tuż za plecami Brytyjczyka znalazł się jego partner, Takuma Sato, któremu na starcie udało się wyprzedzić Marka Webbera (Williams). Na 11 i 12 pozycji utrzymali się David Coulthard (Red Bull) i Rubens Barrichello (Ferrari), natomiast na 13 pozycję awansował Jacques Villeneuve (Sauber) po wyprzedzeniu Giancarlo Fisichelli (Renault). Miejscami zamienili się także Antonio Pizzonia (Williams) i Christian Klien (Red Bull), natomiast stawkę 20 kierowców zaraz za pierwszym zakrętem zamykali kierowcy Jordana, Tiago Monteiro i Narain Karthikeyan oraz Doornbos i Albers.

Na prostej poprzedzającej piąty zakręt (Les Combes) Alonso próbował wyprzedzić Trullego, jednak Włoch zdołał się obronić i pozostał na trzeciej pozycji. Tymczasem udanym atakiem popisał się Michael Schumacher, który po wyprzedzeniu swojego młodszego brata awansował na piątą pozycję. Jeszcze bardziej widowiskową jazdą popisał się w tym samym miejscu toru Sato, jednak strumienie wody wydobywające się spod kół spowodowały, iż nie zostało to uchwycone przez kamery telewizyjne. Tym niemniej Japończyk za jednym zamachem wyprzedził zarówno swojego partnera z zespołu B.A.R, jak i Felipe Massę, awansując w ten sposób na siódmą pozycję. Button także zdołał przemknąć obok kierowcy Saubera, wypychając go poza punktowaną ósemkę. Ponadto Fisichella wyprzedził Villeneuve'a oraz Barrichello (choć nie ma pewności w którym dokładnie momencie) i przesunął się na 12 pozycję, natomiast Barrichello został dodatkowo wyprzedzony przez Kliena i spadł na 14 miejsce. Tymczasem Villeneuve stracił w sumie trzy miejsca, gdyż oprócz Fisichelli i Kliena został także pokonany przez Pizzonię, który awansował na 15 pozycję. Pod koniec pierwszego okrążenia doszło do jeszcze jednej bardzo ciekawej walki i tu znowu realizatorzy transmisji nie uraczyli nas niestety powtórką – Sato i Button zdołali wyprzedzić Ralfa Schumachera podczas pokonywania przebudowanej szykany Bus Stop, spychając kierowcę Toyoty na ósme miejsce.

Na drugim okrążeniu Webber został najpierw wyprzedzony przez Coultharda, a następnie także i przez Fisichellę, co kosztowało go spadek na 12 pozycję. Ponadto Pizzonia wyprzedził Barrichello i awansował na 14 pozycję. Pod koniec czwartego okrążenia pierwszy postój w boksach odbył jadący na ostatniej pozycji Albers. Holender tracił bardzo dużo czasu jadąc na pełnych oponach deszczowych, gdyż tor nie był aż tak mokry i jedynym sensownym rozwiązaniem była w tej sytuacji jak najszybsza zmiana na przejściowe opony. Drugi kierowca Minardi, Doornbos, zwlekał z tym kolejne cztery okrążenia i w efekcie stracił przedostatnią pozycję na rzecz swojego partnera. W międzyczasie Fisichella wyprzedził na szóstym okrążeniu Coultharda, a na kolejnym także i Massę, awansując w ten sposób na dziewiątą pozycję. Ponadto Ralf Schumacher pokonał na siódmym okrążeniu Buttona i znalazł się na siódmej pozycji, natomiast dwa okrążenia później kierowcę B.A.R po zaciętym pojedynku z punktowanej ósemki wypchnął Fisichella. Pod koniec 10 okrążenia pierwszy postój w boksach odbył Ralf Schumacher, jednak zanim pierwsza runda postojów rozpoczęła się na dobre, Fisichella popełnił błąd w okolicy szybkiego zakrętu Eau Rouge, a konkretnie na podjeździe pod górę (Raidillon) i rozbił swój bolid na barierze z opon.

Włoch wyszedł z tej kraksy bez szwanku, a tymczasem na tor wyjechał samochód bezpieczeństwa i niemal wszyscy kierowcy od razu skierowali się do boksów. Zespół McLaren tym razem nie popełnił tego samego błędu co w Kanadzie i jako pierwszego kierowcę wezwał do boksów lidera wyścigu, Montoyę. Tymczasem Raikkonen miał za zadanie spowolnić pozostałych kierowców, tak aby po swoim postoju mógł powrócić przed nimi na tor. Fin nie zdołał jednak utrzymać się na drugiej pozycji, bowiem przed nim znaleźli się dwaj kierowcy, którzy nie wykorzystali neutralizacji wyścigu do zmiany opon i uzupełnienia zapasu paliwa (przy mokrym torze nie obowiązuje zakaz zmiany opon). Byli to Villeneuve i Ralf Schumacher – ten ostatni pierwszy postój odbył dosyć szczęśliwie tuż przed neutralizacją wyścigu i dzięki temu zyskał sporo miejsc. O ile Montoya, Ralf Schumacher, Raikkonen, Alonso, Barrichello, Monteiro i Karthikeyan zdecydowali się na pozostanie przy przejściowych oponach, o tyle Trulli, Michael Schumacher, Sato, Button, Massa, Coulthard, Webber, Klien i Pizzonia zaryzykowali założenie opon przeznaczonych do jazdy po suchym torze. Cała dziewiątka jeszcze w trakcie neutralizacji wyścigu ponownie pojawiła się w boksach by wrócić do przejściowych opon, co dobitnie świadczyło o tym, że tor był jeszcze zbyt mokry.

Tuż przed wznowieniem wyścigu pod koniec 13 okrążenia kolejność kierowców przedstawiała się następująco: na czele był nadal Montoya, a za nim, oddzieleni zdublowanymi kierowcami Minardi podążali Villeneuve, Ralf Schumacher, Raikkonen, Alonso, Massa, Barrichello, Monteiro, Karthikeyan, Michael Schumacher, Sato, Webber, Button, Coulthard, Pizzonia, Trulli i Klien. Ci dwaj ostatni na powrót do przejściowych opon zdecydowali się dopiero na okrążeniu kończącym okres neutralizacji i z tego względu mieli już ponad 20 sekund straty do jadącego przed nimi Pizzonii. Mniejsze, ale także wyraźne odstępy czasowe dzieliły ponadto Alonso i Massę (9.5s) oraz Monteiro i Karthikeyana (3.7s). Ralf Schumacher moment wznowienia wyścigu wykorzystał od razu do wyprzedzenia Villeneuve'a, ale po chwili przypomniał sobie, że nie wolno wyprzedzać przed linią mety i posłusznie przepuścił Kanadyjczyka. Ten jednak popełnił błąd podczas hamowania przed pierwszym zakrętem i stracił w sumie dwa miejsca, bowiem oprócz kierowcy Toyoty przed nim znalazł się także Raikkonen. Tymczasem walka o dziewiątą pozycję pomiędzy Michaelem Schumacherem i Sato zakończyła się kraksą na pierwszym zakręcie i wyeliminowaniem z wyścigu obydwu kierowców. Sato został później ukarany obniżeniem pozycji startowej do następnego wyścigu za uderzenie w tył Ferrari podczas hamowania.

W tej sytuacji na dziewiątą pozycję awansował Webber, a na dalszych miejscach jazdę kontynuowali Button, Coulthard, Karthikeyan (Hindus stracił w sumie trzy miejsca), Pizzonia, Trulli, Klien, Albers i Doornbos. Na 15 okrążeniu Webber wyprzedził Monteiro i znalazł się na ostatniej pozycji punktowanej, natomiast drugiego kierowcę Jordana, Karthikeyana, wyprzedził Pizzonia, spychając go na 13 miejsce. Trzy okrążenia później Monteiro uległ także Buttonowi i był już dziesiąty. Na początku 19 okrążenia awaria silnika wyeliminowała z wyścigu jadącego na 11 pozycji Coultharda. Dwa okrążenia później pierwszy i jak się później okazało jedyny postój w tym wyścigu odbył Villeneuve. Kanadyjczyk w trakcie postoju został wyprzedzony przez Massę, Barrichello oraz Webbera i na tor powrócił na ósmej pozycji. Tymczasem Ralf Schumacher dogonił Montoyę i na krok nie odstępował kierowcy McLarena, który miał zapewne większą ilość paliwa w baku i był z tego powodu wolniejszy. To samo odnosiło się także do Raikkonena, który po 20 okrążeniach miał blisko sześć sekund straty do Niemca.

Potwierdzenie tej teorii nastąpiło pod koniec 24 okrążenia, kiedy to Ralf Schumacher odbył swój drugi postój i przy okazji zdecydował się na założenie zwykłych opon rowkowanych. Decyzja ta okazała się fatalna w skutkach, gdyż tor w wielu miejscach był nadal mokry i jak można było się spodziewać, kierowca Toyoty miał duże trudności z utrzymaniem swojego bolidu na torze. Poślizg na zakręcie Les Combes przekonał Niemca do założenia z powrotem przejściowych opon, jednak dodatkowy postój wiązał się oczywiście z dużą stratą i kierowca ten spadł aż na 14 pozycję. W międzyczasie drugie postoje odbyli także kierowcy Minardi, z których taki sam błąd jak Ralf Schumacher popełnił Doornbos. Holender nie miał jednak nic do stracenia, gdyż i tak był ostatni, tak więc dodatkowy postój nie kosztował go utraty miejsca. Na 24 okrążeniu Button po bardzo efektownej walce wyprzedził swojego partnera z 2003 roku, Villeneuve'a, co w połączeniu z postojem Ralfa Schumachera zapewniło mu awans na siódmą pozycję.

Trzy okrążenia później jadącego z dużą ilością paliwa Villeneuve'a wyprzedził Monteiro, a następnie kierowcę Saubera wyminęli Pizzonia, Karthikeyan (Hindus popisał się w tym celu swoimi off-road'owymi umiejętnościami, gdy Kanadyjczyk chciał go zablokować), Trulli i Ralf Schumacher. W efekcie Villeneuve spadł na 13 pozycję, ale wkrótce na dobre rozpoczęła się druga runda postojów i kierowca Saubera szybko zaczął piąć się z powrotem w górę. Od 29 do 35 okrążenia w boksach zatrzymywali się wszyscy kierowcy z wyjątkiem Villeneuve'a, Ralfa Schumachera i kierowców Minardi. Z całej dwunastki na założenie zwykłych opon rowkowanych zdecydował się tylko Massa i podobnie jak jego poprzednicy musiał wkrótce zaliczyć dodatkowy postój. W efekcie Brazylijczyk spadł na 14 pozycję. Prowadzenie wyścigu objął tymczasem Raikkonen, który dwa okrążenia później od Montoi zaliczył swój drugi i zarazem ostatni postój. Na trzeciej pozycji utrzymał się Alonso, mając ponad 15 sekund straty do Montoi, natomiast na czwartą pozycję dzięki przygodom Massy awansował Barrichello.

Button po drugim postoju wyprzedził Webbera i awansował na piątą pozycję, a tuż za Australijczykiem znalazł się Ralf Schumacher, którego czekał zapewne jeszcze jeden postój w końcówce wyścigu. Punktowaną ósemkę zamykał Pizzonia, któremu udało się przeskoczyć Monteiro, a ponadto przed Portugalczykiem znalazł się Villeneuve. Monteiro na 35 okrążenie doprowadził do kolizji z Trullim, gdyż jak później stwierdził omyłkowo wcisnął na kierownicy przycisk włączający ogranicznik prędkości używany w boksach i nagle zwolnił. Wówczas w tył jego bolidu uderzył Trulli i ze względu na uszkodzenie przedniego spojlera wypadł z toru, kończąc jazdę na barierze z opon. Stawkę 15 kierowców po 35 okrążeniach zamykali Klien, Massa, Karthikeyan, Albers i Doornbos. Na 36 okrążeniu Massa wyprzedził Kliena i awansował na 11 pozycję. Dwa okrążenia później kierowca Red Bull zrewanżował się jednak udanym kontratakiem i Massa znów był dwunasty.

Pod koniec 38 okrążenia na założenie opon do jazdy po suchym torze zdecydował się Webber i tym razem była to już słuszna decyzja, bowiem Australijczyk wkrótce wykręcił najlepsze okrążenie. W ślad za nim na podobny ruch zdecydowali się także Barrichello (Brazylijczyka na 38 okrążeniu został wyprzedzony przez Buttona), Ralf Schumacher i Pizzonia, odwiedzając boksy na 40 okrążeniu. Pizzonia po powrocie na tor znalazł się tuż za Montoyą (mając całe okrążenie straty do Kolumbijczyka) i przy pierwszej lepszej okazji spróbował go wyprzedzić, gdyż myślał, że kierowca McLarena chce mu ustąpić miejsca. Niestety Pizzonia źle odczytał intencje swojego zeszłorocznego partnera i wypchnął go z toru, przy okazji uszkadzając zawieszenie w swoim bolidzie. Za ten incydent Brazylijczyk został później ukarany grzywną. Tymczasem niezagrożony Raikkonen odniósł szóste zwycięstwo w tym sezonie. Na pozostałych miejscach punktowanych finiszowali Alonso, Button, Webber, Barrichello, Villeneuve, Ralf Schumacher i Monteiro.