Początek Grand Prix Malezji zapowiadał się pechowo dla Heinza-Haralda Frentzena (Jordan), ponieważ silnik zamontowany w bolidzie Niemca nie chciał rozwijać większych obrotów. Z tego powodu Frentzen nie mógł jechać z tą samą prędkością co inni kierowcy podczas okrążenia rozgrzewającego i wyglądało na to, że nie zdąży dojechać na swoją pozycję startową, zanim rozpocznie się wyścig. W końcu jednak szczęście uśmiechnęło się do Niemca, ponieważ Giancarlo Fisichella (Benetton) zapomniał, z której pozycji ma rozpoczynać wyścig i postanowił stanąć w poprzek toru. Organizatorzy zmuszeni zostali do przerwania startu, co umożliwiło mechanikom z zespołu Jordan doprowadzenie do porządku bolidu Frentzena i Niemiec ponownie zajął odpowiednie miejsce na prostej startowej. Fisichella natomiast do ponownego startu przystąpił z ostatniej pozycji, za przerwanie procedury startowej. Dodatkowo dystans wyścigu został skrócony do 55 okrążeń.

Po kilku minutach kierowcy po raz drugi ruszyli do okrążenia rozgrzewającego i tym razem znów nie obyło się bez problemów, ponieważ z miejsca nie ruszył Juan Pablo Montoya (Williams). Mechanicy nie zdołali ponownie uruchomić silnika i Kolumbijczyk opuścił swój bolid, poczym pobiegł w stronę garaży zespołu Williams, aby przesiąść się do zapasowego bolidu. Tymczasem pozostali kierowcy ukończyli okrążenie rozgrzewające i wyścig się rozpoczął. Michael Schumacher (Ferrari) bez problemów utrzymał się na prowadzeniu, natomiast za jego plecami toczyła się walka o drugą pozycję pomiędzy Rubensem Barrichello (Ferrari), Ralfem Schumacherem (Williams) i Jarnem Trullim (Jordan). Tuż przed pierwszym zakrętem niewielką przewagę nad pozostałymi uzyskał Ralf Schumacher, ale przy jego prawym tylnym kole nadal znajdował się Barrichello. Niemiec zbytnio się tym jednak nie przejął i zakręt zaczął pokonywać optymalnym torem jazdy, który niestety kolidował w tym momencie z torem jazdy Brazylijczyka. Barrichello widział co się święci, jednak nie miał jak ustąpić drogi Niemcowi, ponieważ w tym momencie naciskał go Trulli i stało się to, co było nieuniknione. W wyniku kolizji bolid Ralfa wpadł w poślizg i zatrzymał się w przeciwnym kierunku do jazdy, natomiast Barrichello pojechał dalej. Zaraz za Trullim podążał Mika Hakkinen (McLaren) i w momencie zderzenia starał się zachować jak największą ostrożność, przez co stracił aż cztery pozycje i znalazł się na ósmej. Wyprzedzili go: David Coulthard (McLaren), Frentzen, Jacques Villeneuve (BAR) i Jos Verstappen (Arrows), który po nadzwyczaj dobrym starcie z pozycji 18 awansował w tym momencie na siódmą, chociaż po drodze zaczepił o bolid Eddiego Irvine'a (Jaguar), wprawiając go w poślizg. Wkrótce wyprzedził również Villeneuve'a i był już szósty. Dopiero w momencie, kiedy pozostali kierowcy minęli pierwszy zakręt, Ralf Schumacher i Irvine mogli ustawić swoje bolidy w odpowiednim kierunku jazdy, przy czym szybciej uczynił to Irvine, a następnie obaj ruszyli w pogoń za resztą. W chwilę później z boksów wyjechał w końcu Montoya w zapasowym bolidzie. Pod koniec pierwszego okrążenia Jean Alesi (Prost) zdołał odzyskać pozycje utracone na rzecz kierowców z zespołu Benetton tuż po starcie i znalazł się na 11 pozycji. Ze wszystkich kierowców pierwszego okrążenia nie zdołał ukończyć tylko Kimi Raikkonen (Sauber).

Na drugim okrążeniu w bolidzie Oliviera Panisa (BAR) zapalił się silnik i w tym momencie Francuz wpadł w poślizg, ponieważ z tyłu bolidu zaczął wydobywać się olej wprost pod tylne koła. Wkrótce na tym samym oleju "przejechał" się również Fernando Alonso (Minardi), a tymczasem nad torem Sepang zaczął padać deszcz. Po dwóch okrążeniach Ralf Schumacher znajdował się już na 16 pozycji, natomiast do boksów udał się Alonso. Na początku trzeciego okrążenia Enrique Bernoldi (Arrows) wyprzedził Jensona Buttona (Benetton) i znalazł się na 12 pozycji. W chwilę później kolejnymi ofiarami rozlanego przez Panisa oleju stali się kierowcy z zespołu Ferrari – Michael Schumacher oraz Barrichello. Obaj znaleźli się na poboczu, ale na szczęście zdołali uniknąć zderzenia z bandą i po chwili udało im się powrócić na tor, przy czym szybciej uczynił to Barrichello i w sumie stracił tylko jedną pozycję, ponieważ minęli go Trulli (który objął w tym momencie prowadzenie) i Coulthard, natomiast Michael Schumacher spadł na ósmą pozycję, za Hakkinena. Tymczasem deszcz rozpadał się na dobre, ale tylko nad pewną częścią toru, reszta była nadal sucha. Między innymi mokry był ostatni zakręt na torze i właśnie z jego pokonywaniem kierowcy mieli największe problemy. Jeszcze na drugim okrążeniu Hakkinen jako pierwszy się o tym przekonał i chociaż udało mu się opanować bolid, wyprzedził go w tym momencie Michael Schumacher.

Na trzecim okrążeniu w boksach znaleźli się pierwsi kierowcy, którzy postanowili zmienić opony na przeznaczone do jazdy po mokrym torze. Byli to: Fisichella, Button, Luciano Burti (Jaguar), Tarso Marques (Minardi) i Alonso, dla którego była to już druga wizyta w boksach. Warunki pogodowe pogorszyły się do tego stopnia, iż większość kierowców (nawet bardzo doświadczeni) nie byli w stanie im sprostać i kolejno wpadali w poślizg. Niektórym z nich udawało się powrócić na tor, natomiast na żwirowisku jazdę zakończyli Villeneuve, Nick Heidfeld (Sauber), Bernoldi oraz Montoya. Z wyścigu wycofał się również Irvine, ale w tym przypadku przyczyną była jakaś usterka mechaniczna. Pod koniec następnego okrążenia organizatorzy zdecydowali się na wypuszczenie na tor samochodu bezpieczeństwa, a do boksów zaczęli zjeżdżać kierowcy jadący jeszcze na zwykłych, rowkowanych oponach. W większości przypadków postoje przebiegały bez problemów, natomiast w miejscu serwisowym Ferrari powstało drobne zamieszanie, ponieważ jako pierwszy przyjechał tam Barrichello. Mechanicy Ferrari byli jednak przygotowani na postój Michaela Schumachera w tym momencie i dla niego właśnie mieli przygotowane opony. Dopiero po założeniu opon mechanicy połapali się, że założyli nie te opony co trzeba i zaczęli je z powrotem zdejmować, a w tym momencie za Barrichello stał już Schumacher. Znalezienie opon dla Barrichello trwało jakieś 45 sekund i w sumie Brazylijczyk stał w boksie przez minutę i 12 sekund. Postój Schumachera trwał już tylko dodatkowe osiem sekund. Warto jeszcze zwrócić uwagę na to, iż obaj kierowcy z zespołu Ferrari powrócili na tor z tzw. oponami przejściowymi, czyli przeznaczonymi do jazdy po zarówno mokrym, jak i suchym torze, natomiast reszta kierowców postanowiła założyć opony do jazdy po wyłącznie mokrym torze.

Po pięciu okrążeniach kolejność kierowców pozostałych w wyścigu przedstawiała się następująco: pierwszy Coulthard, a za nim Frentzen, Verstappen, Hakkinen, Trulli, Alesi, Fisichella, Ralf Schumacher, Gaston Mazzacane (Prost), Barrichello, Michael Schumacher, Button, Burti, Marques i Alonso. Samochód bezpieczeństwa przebywał na torze do końca dziesiątego okrążenia, po czym kierowcy ruszyli ponownie do walki. Deszcz w tym momencie już prawie nie padał i tor zaczynał schnąć. Na 11 okrążeniu Verstappen wyprzedził Frentzena, Ralf Schumacher wyprzedził Fisichellę, Alesiego i Trullego; a także Barrichello i Michael Schumacher wyprzedzili Mazzacane oraz Fisichellę. Na następnym okrążeniu Frentzen został wyprzedzony przez Hakkinena i Ralfa Schumachera, Barrichello i Michael Schumacher wyminęli Alesiego i Trullego, przy okazji zamieniając się miejscami, a Alesiego dodatkowo wyprzedzili kierowcy z zespołu Benetton. Po 13 okrążeniach Michael Schumacher był już trzeci, po wyprzedzeniu Hakkinena i swojego młodszego brata – Ralfa, Barrichello był szósty po wyprzedzeniu Frentzena, natomiast Button spadł na 14 pozycję po poślizgu. Na 14 okrążeniu Barrichello awansował na czwartą pozycję, wyprzedzając Hakkinena i Ralfa Schumachera, a także Button wyprzedził Marquesa. Na następnym okrążeniu Michael Schumacher po zaciętym pojedynku wyprzedził Verstappena, a na początku 16 okrążenia był już pierwszy, po wyprzedzeniu Coultharda. Na tym okrążeniu Szkota wyprzedził również Barrichello, po uprzednim wyprzedzeniu Verstappena. Od tego momentu kierowcy Ferrari zaczęli uciekać rywalom w szybkim tempie.

Na 18 okrążeniu w boksach ponownie znaleźli się Hakkinen, Ralf Schumacher i Alonso – wszyscy trzej kierowcy postanowili wrócić do jazdy na standardowych oponach rowkowanych, ponieważ tor był już prawie całkiem suchy. Hakkinen po postoju spadł na ósmą pozycję, natomiast Ralf Schumacher znalazł się na 11 pozycji. W przeciągu następnych siedmiu okrążeń opony zmieniali także Fisichella, Barrichello, Frentzen, Verstappen, Trulli, Burti, Alesi, Button, Mazzacane a także Coulthard. Po 26 okrążeniach na prowadzeniu znajdował się nadal Michael Schumacher, a dalsze pozycje zajmowali kolejno: Barrichello, Coulthard, Verstappen, Hakkinen, Ralf Schumacher, Frentzen, Trulli, Fisichella, Alesi, Burti, Alonso, Marques, Button i Mazzacane. Na 28 okrążeniu Ralf Schumacher wyprzedził Hakkinena i znalazł się na piątej pozycji.

Na 30 okrążeniu do boksów zjechał po raz drugi w tym wyścigu Michael Schumacher. Przed postojem Niemiec miał już ogromną przewagę nad pozostałymi kierowcami i dzięki temu bez problemu zdołał utrzymać prowadzenie. Na tym samym okrążeniu postój zaliczył również Marques, ponieważ w jego bolidzie pękła jedna z tylnych opon, która dodatkowo spadła z felgi i znalazła się na środku ostatniej prostej. Na szczęście porządkowi w miarę szybko zdołali ją usunąć. Na 31 okrążeniu Ralf Schumacher awansował na czwartą pozycję po wyprzedzeniu Verstappena. Na następnym okrążeniu z wyścigu wycofał się Fisichella, a w boksach po raz czwarty w tym wyścigu pojawił się Alonso. Na 38 okrążeniu Hakkinen próbował wyprzedzić Verstappena, jednak popełnił niewielki błąd i zamiast zyskać jedną pozycję, został dodatkowo wyprzedzony przez Frentzena i znalazł się na siódmej pozycji.

Od 38 do 43 okrążenia trzecie postoje w boksach odbyli Ralf Schumacher, Trulli, Barrichello, Hakkinen i Verstappen. W trakcie tej serii postojów Hakkinen wyprzedził Verstappena i znalazł się na szóstej pozycji, natomiast Frentzen, który nie zjeżdżał po raz trzeci do boksów, awansował na czwartą pozycję. Przez ostatnie 12 okrążeń wyścigu nie nastąpiła już żadna zmiana w kolejności kierowców.