Podobnie jak w Australii, druga sesja kwalifikacyjna na torze Sepang nie przyniosła zmiany w kolejności trzech czołowych kierowców. Fernando Alonso także i tym razem okazał się najszybszym kierowcą, przypieczętowując tym samym wywalczenie po raz drugi w Malezji pole position. Dużo słabiej wypadł drugi kierowca Renault, Giancarlo Fisichella – zwycięzca ostatniego wyścigu uzyskał zaledwie dziewiąty czas w drugiej sesji kwalifikacyjnej, tracąc do swojego partnera ponad półtorej sekundy. Przewaga z pierwszej sesji i niepowodzenia innych kierowców umożliwiły jednak utrzymanie Włochowi trzeciej pozycji. Tymczasem Jarno Trulli (Toyota) podobnie jak Alonso pojechał dzisiaj bezbłędnie i ostatecznie jego strata do najszybszego kierowcy Renault po obydwu sesjach wyniosła mniej niż 0.3 sekundy.

Z kolejnych trzech kierowców najlepiej wypadł Mark Webber, który po sobotnich kwalifikacjach był szósty. Tym razem kierowca Williamsa okazał się jednak wyraźnie szybszy od Ralfa Schumachera (Toyota) i Kimi Raikkonena (McLaren), ostatecznie kwalifikując się na czwartej pozycji. Najsłabiej wypadł Raikkonen – Fin ledwo zdołał utrzymać się przed kierowcami Red Bull, Christianem Klienem i Davidem Coulthardem, którzy prezentowali dzisiaj bardzo dobrą formę i w równej walce, czyli nie za sprawą dogodnych warunków pogodowych, wspólnie zakwalifikowali się w pierwszej ósemce, awansując aż o trzy miejsca w górę w stosunku do sobotnich kwalifikacji.

Jenson Button (B.A.R) ostatecznie utrzymał się na dziewiątej pozycji, natomiast pierwszą dziesiątkę zamknął Nick Heidfeld (Williams), tracąc w sumie dwa miejsca. Jeszcze słabiej wypadł Juan Pablo Montoya (McLaren), który po kolejnych błędach musiał zadowolić się zaledwie 11 pozycją, choć po sobotnich kwalifikacjach był siódmy. Na pozostałych miejscach nie nastąpiły już większe zmiany, ale warto odnotować fakt, iż Rubens Barrichello zdołał przeskoczyć swojego partnera z zespołu Ferrari, Michaela Schumachera i uplasował się na 12 pozycji. Ponadto Brazylijczyk pokonał także swojego rodaka, Felipe Massę (Sauber), który ostatecznie wylądował za Schumacherem na 14 pozycji. Stawkę 20 kierowców podobnie jak wczoraj zamknęli Anthony Davidson (B.A.R), Jacques Villeneuve (Sauber), a także kierowcy z zespołów Jordan i Minardi.