Pod koniec okrążenia rozgrzewającego Jos Verstappen zjechał do boksów, poświęcając 17 pozycję startową na rzecz możliwości uzupełnienia zapasu paliwa. Z tego względu Holendra czekał oczywiście start z linii boksów, natomiast drugi kierowca z zespołu Minardi – Nicolas Kiesa, a także Jarno Trulli (Renault) i Ralf Schumacher (Williams) zyskali po jednej pozycji jeszcze przed rozpoczęciem wyścigu. Po zgaśnięciu pięciu czerwonych świateł Rubens Barrichello (Ferrari) i Juan Pablo Montoya (Montoya) wystartowali na tyle dobrze, iż bez problemu utrzymali się na czołowych miejscach. Tymczasem Fernando Alonso (Renault) od razu wstrzelił się pomiędzy kierowców Toyoty – Cristiano da Mattę i Oliviera Panisa, w efekcie wyprzedzając obydwu z nich, co zapewniło mu awans na trzecią pozycję. W ślad za Hiszpanem podążył David Coulthard (McLaren), który tuż po starcie wyprzedził Marka Webbera (Jaguar). Szkot nie zdążył jednak wyprzedzić obydwu kierowców Toyoty przed pierwszym zakrętem i znalazł się między nimi na piątej pozycji. Webber oprócz Coultharda został również wyprzedzony przez drugiego kierowcę z zespołu McLaren – Kimiego Raikkonena i Jensona Buttona (B.A.R), tracąc w ten sposób aż trzy miejsca. Tuż za plecami Australijczyka znalazł się jego partner z zespołu Jaguar – Justin Wilson, który podczas startu utrzymał się na dziesiątej pozycji. Startujących ociężale z 11 i 12 pozycji kierowców z zespołu Sauber – Nicka Heidfelda oraz Heinza-Haralda Frentzena podobnie jak Webbera także wyprzedzili aż trzej kierowcy – Takuma Sato (B.A.R), Michael Schumacher (Ferrari) i Trulli, który popisał się nadzwyczaj udanym startem, awansując od razu z 18 na 13 pozycję. Oprócz kierowców z zespołu Sauber Włoch wcześniej wyprzedził również kierowców z zespołu Jordan – Ralpha Firmana i Giancarlo Fisichellę, którzy zamienili się miejscami, a ponadto rozdzielił ich Ralf Schumacher, awansując w ten sposób na 18 pozycję. Na końcu stawki znaleźli się tymczasem kierowcy z zespołu Minardi – Kiesa i Verstappen.

Podczas pokonywania zakrętów 'S' Ralf Schumacher wyprzedził Fisichellę oraz Frentzena i był już piętnasty. Tymczasem podczas dojazdu do najostrzejszego zakrętu – Hairpin Barrichello popełnił niewielki błąd (tor gdzieniegdzie był jeszcze trochę mokry po wcześniejszych opadach deszczu), po którym dystans dzielący go od Montoi zmalał do minimum. Kolumbijczyk podczas pokonywania tego wirażu próbował nawet objechać po zewnętrznej bolid Ferrari, ale w tym momencie nie udało mu się jeszcze go wyprzedzić. Dopiero pod koniec zakręcającej delikatnie w prawą stronę następnej prostej kierowca z zespołu Williams z dziecinną wręcz łatwością wyprzedził Brazylijczyka, obejmując prowadzenie wyścigu. Z chwilowego wytrącenia z rytmu Barrichello próbował także skorzystać Alonso, jednak moc silnika Renault nie pozwoliła mu uzyskać wystarczającej przewagi przed szykaną i próba wyprzedzenia zakończyła się niepowodzeniem. W międzyczasie jeszcze przed najszybszym zakrętem (130R) Raikkonen wyprzedził Panisa i awansował na szóstą pozycję, a w chwilę później Ralf Schumacher uporał się z wyprzedzeniem drugiego kierowcy z zespołu Sauber – Heidfelda, spychając w ten sposób swojego rodaka na 14 pozycję. Pod koniec drugiego okrążenia tuż przed szykaną Sato popisał się dosyć efektownym atakiem na zajmowaną przez Wilsona dziesiątą pozycję, który zakończył się pełnym sukcesem. Ralf Schumacher także chciał pokazać, że nie jest gorszy i w ten sam sposób próbował wyprzedzić Trullego. Niemiec opóźnił jednak zbytnio hamowanie i wpadł w poślizg, przez co ponownie znalazł się na przedostatniej pozycji.

Na trzecim okrążeniu Raikkonen wyprzedził partnera z zespołu McLaren – Coultharda i awansował na czwartą pozycję. Na początku kolejnego okrążenia Michael Schumacher tuż przed pierwszym zakrętem wyprzedził Wilsona i znalazł się ponownie za Sato, na 11 pozycji. Tymczasem młodszy z braci Schumacherów przystąpił do odrabiania strat, wyprzedzając ponownie Kiesę. Na kolejnym okrążeniu Sato wyprzedził Webbera i awansował na dziewiątą pozycję, natomiast Trulli po wyprzedzeniu drugiego kierowcy z zespołu Jaguar – Wilsona znalazł się na 12 pozycji. Na szóstym okrążeniu Michael Schumacher wyprzedził Webbera, a pod koniec tego okrążenia chciał również wyminąć Sato, jednak w momencie dojechania do szykany nawet połowa jego bolidu nie znajdowała się obok bolidu Japończyka (w zasadzie tylko przednie koła). Kierowca z zespołu B.A.R całkiem słusznie przyjął, iż zakręt należy do niego, a tymczasem Schumacher liczył chyba na to, że Sato pojedzie prosto, oddając mu bez walki dziewiątą pozycję. Tak się jednak nie stało, a że Niemiec zbyt późno się o tym przekonał, z przedniego spojlera, którym zaczepił o tylne koło bolidu B.A.R, zostały tylko strzępy. Po odbyciu przymusowego postoju w boksach kierowca Ferrari spadł na ostatnią pozycję. W międzyczasie Trulli wyprzedził Webbera i awansował do pierwszej dziesiątki, natomiast Ralf Schumacher, który także skorzystał z problemów starszego brata, dodatkowo wyprzedził obydwu kierowców z zespołu Jordan i znalazł się na 15 pozycji.

Na dziewiątym okrążeniu dotychczasowy lider wyścigu – Montoya zaczął nagle zwalniać, co było związane z awarią hydrauliki w jego bolidzie. Kolumbijczyk po dowleczeniu się do boksów wycofał się z wyścigu, a tymczasem na prowadzeniu znalazł się ponownie Barrichello, który przed tym zdarzeniem miał kilka sekund straty do Montoi. Na tym samym okrążeniu Ralf Schumacher próbował wyprzedzić Frentzena, jednak doszło do niewielkiej kolizji, przez którą kierowca z zespołu Sauber musiał odbyć przymusowy postój w boksach. Ralf tymczasem awansował na 12 pozycję, a oprócz Frentzena w boksach znalazł się także Wilson, przy czym dla Brytyjczyka był to rutynowy postój. Frentzen po odbyciu niezbędnych napraw powrócił do wyścigu, jednak nie zdołał przejechać nawet jednego okrążenia, gdyż w jego bolidzie zepsuł się silnik. Tym samym w wyścigu pozostało 18 kierowców. Od 10 do 16 okrążenia pierwsze postoje odbyli pozostali na torze kierowcy (z wyjątkiem Michaela Schumachera i Verstappena), począwszy od da Matty, a skończywszy na Buttonie, który przez trzy okrążenia był nawet tymczasowym liderem wyścigu. Brytyjczyk dzięki dosyć późnemu postojowi przeskoczył Panisa i po powrocie na tor był szósty, a na prowadzeniu ponownie znalazł się Barrichello, z podążającym zaraz za nim jak cień Alonso. Kierowcy z zespołu McLaren podczas pierwszej rundy postojów przeskoczyli da Mattę i znaleźli się kolejno na trzeciej i czwartej pozycji, przy okazji zamieniając się miejscami. Kolejna zmiana nastąpiła na ósmej pozycji, na którą po przeskoczeniu Trullego i Sato awansował Webber. Sato także został wyprzedzony przez Trullego i spadł na dziesiątąj pozycję, a tuż za nim znalazł się Ralf Schumacher. Wilson i Heidfeld po postojach nadal zajmowali 12 i 13 pozycję, natomiast Michael Schumacher korzystając z faktu, że nie musi jeszcze zjeżdżać do boksów zdołał wspiąć się na 14 pozycję. Na pozostałych miejscach jazdę kontynuowali kierowcy z zespołów Jordan i Minardi.

Na 17 okrążeniu Michael Schumacher wyprzedził Heidfelda i awansował na 13 pozycję. Na kolejnym okrążeniu Niemiec był już dwunasty, gdyż w bolidzie jadącego na drugiej pozycji Alonso nastąpiła awaria silnika. Wyraźnie sfrustrowany Hiszpan pozostawił swój bolid na poboczu i ruszył w kierunku boksów. Pod koniec 20 okrążenia Verstappen po raz pierwszy w trakcie wyścigu zjechał do boksów po nowe opony i dodatkowe paliwo. Po powrocie na tor Holender był nadal przedostatni. Na kolejnym okrążeniu Wilson zapoczątkował drugą rundę postojów dla kierowców, którzy trzykrotnie planowali odwiedzać boksy w tym wyścigu. Na taką samą strategię zdecydowali się również Webber, da Matta, bracia Michael oraz Ralf Schumacherowie, Panis, Barrichello i Coulthard. Barrichello po drugim postoju był nadal liderem wyścigu, natomiast zaraz za nim znaleźli się trzej kierowcy, którzy na swoim koncie mieli tylko jeden postój – Raikkonen, Button i Trulli. Dopiero na piątej pozycji wylądował Coulthard, a za nim podążali Sato i Heidfeld. Da Matta po drugim postoju spadł na ósmą pozycję, a zaraz za nim znalazł się Webber, który zdołał przeskoczyć Panisa. Ralf Schumacher w wyniku drugiego postoju stracił tylko jedną pozycję, natomiast za jego placami znalazł się starszy brat – Michael, który utrzymał się na 12 pozycji. Stawkę zamykali Wilson, Firman, Verstappen i Kiesa, przy czym Firman pod koniec 26 okrążenia zaliczył swój drugi i zarazem ostatni postój.

Na 29 okrążeniu Ralf Schumacher wyprzedził Panisa i awansował do pierwszej dziesiątki. Następnie Francuza wyprzedził również Michael Schumacher, spychając go w ten sposób na 12 pozycję. Drugie i zarazem ostatnie postoje Trulli, Sato, Raikkonen, Button, Heidfeld i Kiesa odbyli na przestrzeni 32 i 33 okrążenia. W tym momencie Coulthard powrócił na drugą pozycję, a tuż za jego plecami ponownie znaleźli się Raikkonen i da Matta. Buttona w trakcie postoju dodatkowo wyprzedzili bracia Schumacherowie i Brytyjczyk znalazł się tymczasowo na siódmej pozycji. Trulli spadł na dziewiątą pozycję za Webbera, natomiast przed jadącym na 11 pozycji Sato znalazł Panis. Heidfeld wylądował na 12 pozycji, natomiast Kiesa po drugim postoju był nadal ostatni. Na 34 okrążeniu w bolidzie jadącego na 14 pozycji Fisichelli skończyło się paliwo i Włoch musiał zjechać z toru. Pod koniec tego okrążenia rozpoczęła się tymczasem ostatnia runda postojów dla kierowców zamierzających trzykrotnie odwiedzać boksy. Jako pierwszy w boksach ponownie zjawił się Wilson, a w następnej kolejności ostatnie postoje zaliczyli Webber, Michael Schumacher, da Matta, Ralf Schumacher, Panis, Barrichello i Coulthard. Oprócz nich boksy odwiedzał również Verstappen, przy czym dla Holendra był to dopiero drugi postój od rozpoczęcia tego wyścigu.

Po zakończeniu trzeciej rundy postojów Barrichello był nadal liderem wyścigu, natomiast Raikkonen, który aby myśleć o zdobyciu tytułu mistrzowskiego musiał wygrać, po postoju partnera z zespołu McLaren – Coultharda awansował na drugą pozycję i miał ponad 15 sekund straty do Brazylijczyka. Na pozycjach od czwartej do szóstej znaleźli się Button, Trulli i Sato, natomiast kolejny po Coulthardzie kierowca z trzema postojami na koncie – da Matta znalazł się na siódmej pozycji. Tymczasem Michael Schumacher na tor zdołał powrócić przed młodszym bratem – Ralfem na ósmej pozycji i to już gwarantowało mu wywalczenie szóstego tytułu mistrzowskiego. Kierowca Ferrari przeżył jednak chwilę grozy, gdy jadąc tuż za da Mattą musiał ratować się gwałtownym skrętem i ostrym hamowaniem pod koniec 41 okrążenia. Da Matta zbliżając się do szykany trzymał się prawej strony toru i trochę wcześniej niż zwykle rozpoczął hamowanie, co zupełnie zaskoczyło jadącego w tej samej linii Niemca. Zdołał on co prawda uniknąć kolizji z kierowcą Toyoty, ale w tym samym momencie w tył jego bolidu uderzył lekko Ralf Schumacher, którego całe zdarzenie jeszcze bardziej zaskoczyło. W kolizji tej ucierpiał jednak tylko bolid Williams, z którego odpadł przedni spojler, natomiast Michael Schumacher musiał ściąć szykanę, ale po przepuszczeniu da Matty kontynuował jazdę na ósmej pozycji. Ralf Schumacher po odbyciu przymusowego postoju spadł na 13 pozycję, a przed nim znaleźli się Heidfeld, Panis, Webber i Wilson. Po 41 okrążeniach stawkę zamykali Firman, Verstappen i Kiesa. Ostatnim zdarzeniem w kończącym sezon 2003 wyścigu o Grand Prix Japonii było wyprzedzenie Wilsona przez Ralfa Schumachera, który dzięki temu finiszował na 12 pozycji.