Pogoda odegrała decydującą rolę w ustaleniu kolejności startowej do jutrzejszego wyścigu na torze Suzuka. Tor od początku sesji był mokry, ale nie na tyle, aby opłacała się jazda na oponach przeznaczonych do jazdy w ekstremalnych warunkach pogodowych, z jakich kierowcy korzystali podczas porannych treningów. Jako pierwszy okrążenie pomiarowe zaliczył David Coulthard (Red Bull), jadąc na przejściowych oponach Michelin. W normalnej sytuacji konieczność wyjazdu na tor na początku kwalifikacji oznaczałaby zapewne dosyć niską pozycję startową. Tymczasem kolejnych dziewięciu kierowców nie było w stanie poprawić czasu uzyskanego przez Szkota, choć deszcz w tym momencie nie padał.

Wśród tej dziewiątki był między innymi Jarno Trulli (Toyota), który na pierwszym sektorze okazał się szybszy od kierowcy Red Bull aż o pół sekundy, jednak popełnił błąd na dziewiątym zakręcie (Degner Curve, tuż przed przejazdem pod mostem) i nie ukończył okrążenia kwalifikacyjnego. Wcześniej na tym samym zakręcie z toru wypadł także Tiago Monteiro, przy czym kierowca Jordana uczynił to jeszcze na okrążeniu wyjazdowym z boksów. Kłopoty z opanowaniem bolidu na okrążeniu wyjazdowym miał również Antonio Pizzonia (Williams), jednak Brazylijczyk po poślizgu był w stanie kontynuować jazdę i bezpiecznie pokonał swoje okrążenie kwalifikacyjne, tracąc do Coultharda bagatela ponad dwie i pół sekundy, co dało mu 12 pozycję startową.

Doświadczonego Szkota nie zdołał także pokonać drugi kierowca Williamsa, Mark Webber (siódma pozycja) oraz obydwaj reprezentanci Saubera, Jacques Villeneuve i Felipe Massa, którzy do wyścigu o Grand Prix Japonii zakwalifikowali się odpowiednio na 8 i 10 pozycji. W trudnych warunkach Villeneuve od swojego partnera okazał się szybszy o ponad 0.8 sekundy. Tuż za Massą na 11 pozycji uplasował się Narain Karthikeyan (Jordan), dla którego jest to najwyższa pozycja startowa w debiutanckim sezonie. Najwyższe miejsca startowe uzyskali także kierowcy Minardi, Christijan Albers (13 pozycja) i Robert Doornbos (15 pozycja), przy czym dzieliła ich aż dwusekundowa różnica. Cała trójka liczyła na bardziej mokry tor, gdyż przeznaczone do jazdy w ekstremalnych warunkach pogodowych opony Bridgestone zapewniłyby im sporą przewagę nad kierowcami korzystającymi z ogumienia firmy Michelin.

Jako jedenasty na tor Suzuka wyjechał ulubieniec lokalnej publiczności, Takuma Sato (B.A.R) i to właśnie Japończyk jako pierwszy zdołał pokonać Coultharda. Radość Taku nie trwała jednak zbyt długo, gdyż szybszy od niego okazał się drugi kierowca Red Bull, Christian Klien. Następnie na torze pojawił się drugi kierowca Toyoty, Ralf Schumacher. Niemiec podobnie jak Trulli już na pierwszym sektorze uzyskał ponad pół sekundy przewagi nad najbliższym rywalem i choć dziewiąty zakręt pokonał bezbłędnie, to jednak miał drobne problemy na długim wirażu Spoon. Mimo to jego przewaga nad Klienem wyniosła na koniec ponad 0.3 sekund i jak się później okazało żaden z pozostałych kierowców nie zdołał już pojechać szybciej, co było głównie zasługą pogorszenia pogody.

Zanim to się jednak stało, szansę na pokonanie młodszego z braci Schumacherów mieli jeszcze Jenson Button (B.A.R) i Giancarlo Fisichella (Renault). Pierwszemu z nich zabrakło do tego zaledwie 0.035 sekundy, natomiast Fisichella zapewne odebrałby kierowcy Toyoty prowizoryczne pole position gdy nie fakt, że nad ostatnią sekcją toru zaczął padać deszcz. Tym niemniej Włoch zmieścił się poniżej 0.2 sekundy straty, co dało mu trzecią pozycję startową. W międzyczasie okrążenie kwalifikacyjne zaliczył zwycięzca Grand Prix Japonii z 2003 roku, Rubens Barrichello, jednak Brazylijczyk do Ralfa Schumachera stracił ponad dwie sekundy i musiał zadowolić się zaledwie dziewiątą pozycją startową, mając niespełna pół sekundy przewagi nad kolejnym kierowcą na oponach Bridgestone (Karthikeyan).

Tymczasem gdy na torze pojawił się drugi kierowca Ferrari, Michael Schumacher, deszcz rozpadał się na dobre. Efektem tego była strata ponad sześciu sekund do najszybszego kierowcy. Być może gdyby Niemiec zdecydował się na założenie opon do jazdy w ekstremalnych warunkach pogodowych, strata ta byłaby nieco mniejsza, ale tak czy inaczej pogorszenie pogody oznaczało koniec szans na uzyskanie wysokiej pozycji startowej. W tej sytuacji samo "dopłynięcie" do mety należało uznać za sukces. Ostatecznie Schumacher musiał zadowolić się 14 pozycją startową, natomiast świeżo koronowany mistrz świata, Fernando Alonso (Renault), wylądował na 16 pozycji, tracąc ponad osiem sekund do zdobywcy pole position.

Jako ostatni okrążenia kwalifikacyjne mieli zaliczyć kierowcy McLarena, Kimi Raikkonen i Juan Pablo Montoya, jednak w istocie tylko Fin zdecydował się ukończenie okrążenia pomiarowego, tracąc do Ralfa Schumachera ponad 16 sekund. Widząc to władze stajni z Woking nakazały Montoi powrót do boksów przed ukończeniem okrążenia kwalifikacyjnego, aby Kolumbijczyk zaoszczędził przynajmniej trochę paliwa. Tak więc pole position trafiło w ręce Ralfa Schumachera, który z pewnością zawdzięcza to w dużej mierze szczęściu, ale z drugiej strony zdołał pokonać Buttona w podobnych warunkach, a więc spisał się całkiem nieźle. Patrząc na zeszłoroczny wyścig na torze Suzuka nie powinno to być specjalnym zaskoczeniem, gdyż Niemiec finiszował wówczas na drugiej pozycji.

Toyota może na razie świętować wywalczenie pierwszego pole position przed własną publicznością, a drugiego w tym sezonie, jednak jutro czeka ją zacięty pojedynek z innym japońskim koncernem samochodowym, Hondą. Button i Sato wyścig rozpoczną odpowiednio z drugiej i piątej pozycji, a kolejnym kandydatem do odniesienia zwycięstwa może być Fisichella. Z punktu widzenia walki o mistrzostwo w klasyfikacji konstruktorów trzecia pozycja startowa Włocha może okazać się na wagę złota. Tymczasem Alonso i obydwu kierowców McLarena czeka jutro przedzieranie się z końca stawki. Dla nas oznacza to oczywiście dodatkowe emocje, tym bardziej, że prognoza pogody przewiduje na jutro 50-procentową możliwość opadów deszczu w trakcie wyścigu.