Tuż przed rozpoczęciem okrążenia rozgrzewającego stojący na siódmym polu startowym Christian Klien zasygnalizował zgaśnięcie silnika w swoim bolidzie. Gdy pozostali kierowcy opuścili prostą startową, bolid Austriaka został zapchany do boksów przez mechaników zespołu Red Bull. Niestety nie udało im się ponownie uruchomić silnika ze względu na problemy techniczne i Klien nie mógł wziąć udziału w tym wyścigu.

Fernando Alonso (Renault) wystartował bardzo dobrze i bez większych problemów utrzymał się na prowadzeniu. Tymczasem startującego z drugiej pozycji Michaela Schumachera (Ferrari) zaatakował po zewnętrznej stronie pierwszego zakrętu Jarno Trulli (Toyota) i gdyby nie fakt, że następny zakręt był w przeciwną stronę, zapewne udałoby mu się wyprzedzić siedmiokrotnego mistrza świata. Włoch wolał jednak nie ryzykować, tym bardziej, że Schumacher starał się zajechać mu drogę i w efekcie pozostał na trzeciej pozycji. Na czwartą pozycję awansował Mark Webber, wyprzedzając jeszcze na prostej startowej partnera z zespołu Williams, Nicka Heidfelda. Drugi kierowca Toyoty, Ralf Schumacher, utrzymał się na piątej pozycji, a tuż za nim po wyprzedzeniu partnera z zespołu McLaren, Pedro de la Rosy, znalazł się Kimi Raikkonen.

Na kolejnych pozycjach utrzymali się Giancarlo Fisichella (Renault), kierowcy B.A.R, Jenson Button i Takuma Sato, a także Felipe Massa (Sauber). Partner Massy, Jacques Villeneuve, po wyprzedzeniu Davida Coultharda (Red Bull) awansował na 13 pozycję, a tuż za Szkotem znalazł się Rubens Barrichello (Ferrari), który ze względu na wymianę silnika wystartował z ostatniej pozycji. Brazylijczyk bez problemu wyprzedził tuż po starcie kierowców Minardi, a po chwili także i stawiających nieco większy opór kierowców Jordana, których zaraz przed pierwszym zakrętem wyprzedził także Christijan Albers (Minardi). W efekcie Barrichello awansował aż na 16 pozycję, choć o mały włos nie wyeliminował z walki Coultharda, zaczepiając lekko o jego bolid na pierwszym zakręcie. Stawkę 19 kierowców zamykali w tym momencie kierowcy Jordana, Narain Karthikeyan i Tiago Monteiro, a także Patrick Friesacher (Minardi).

Pod koniec drugiej prostej Webber próbował wyprzedzić Trullego, jednak Włoch zablokował wewnętrzny tor jazdy i dzięki temu utrzymał się na trzeciej pozycji. Raikkonen także bezowocnie próbował w ten sam sposób wyprzedzić Ralfa Schumachera, a dopiero udanym manewrem wyprzedzania na czwartym zakręcie popisał się Fisichella, pokonując jadącego dotąd na ósmej pozycji de la Rosę. W ślad za kierowcą Renault Hiszpana wyprzedził także Button, awansując w ten sposób na dziewiątą pozycję, a oprócz Buttona w tym samym miejscu toru udanym atakiem popisał się jeszcze Barrichello, wyprzedzając jadącego na 14 pozycji Coultharda.

W chwilę później zrobiło się dosyć tłoczno przed ósmym zakrętem, po tym jak Villeneuve o mały włos nie wpadł w poślizg. Barrichello i Coulthard zdołali uniknąć kolizji z Kanadyjczykiem, natomiast jadący zaraz za Szkotem Albers spóźnił się z hamowaniem i lekko uderzył w tył bolidu Red Bull. Wytrącony z rytmu Coulthard został w chwilę później wyprzedzony przez Karthikeyana, ale za to jego bolid wydawał się być cały, natomiast Albersa czekała wymiana uszkodzonego przedniego skrzydła. Pod koniec pierwszego okrążenia Barrichello wyprzedził Villeneuve'a i awansował na 13 pozycję, natomiast Button został wyprzedzony przez de la Rosę i spadł na 10 miejsce. Była to głównie wina Fisichelli, który po nieudanej próbie wyprzedzenia Raikkonena i o mały włos nie wpadnięciu na Fina, przyblokował kierowcę B.A.R.

Na początku drugiego okrążenia do walki o dziewiątą pozycję włączył się Sato, wyprzedzając podczas pokonywania pierwszego zakrętu nie tylko swojego partnera, ale także i de la Rosę. Tymczasem Buttona w chwilę później wyprzedził również Barrichello, któremu w międzyczasie udało się pokonać Massę. Pod koniec drugiego okrążenia z bolidu jadącego na ósmej pozycji Fisichelli zaczął wydobywać się dym, zapowiadający rychłą awarię silnika. Na prostej startowej kierowcę Renault bez większych problemów wyprzedzili Sato i de la Rosa, a w chwilę później wyminął go także Barrichello. Włoch był co prawda w stanie utrzymać za swoimi plecami Buttona, ale mimo to pod koniec trzeciego okrążenia skierował się do boksów. Mechanicy nie byli jednak na niego jeszcze gotowi i Fisichella powrócił na tor, by po zjechaniu do boksów na kolejnym okrążeniu definitywnie wycofać się z wyścigu. W międzyczasie z walki odpadł także Karthikeyan, ze względu na awarię elektryki.

Na ósmym okrążeniu Ralf Schumacher podjął pierwszą próbę wyprzedzenia Heidfelda. Kierowca Williamsa zmusił jednak swojego rodaka do zjechania na brudną stronę toru i w ten sposób zdołał utrzymać się na piątej pozycji, ale tylko do następnego okrążenia, na którym zbyt szeroko wjechał w z jeden z zakrętów i w efekcie został wyprzedzony przez kierowcę Toyoty. W dodatku do jego skóry zaczął się także dobierać Raikkonen. Z kolei błąd popełniony na 10 okrążeniu przez Monteiro umożliwił Friesacherowi awans na 15 pozycję. Na 12 okrążeniu w bolidzie jadącego od początku wyścigu tuż za Alonso Michaela Schumachera nastąpił spadek ciśnienia hydraulicznego, uniemożliwiając Niemcowi redukcję biegów. Z tego powodu kierowca Ferrari nie zdołał wyhamować przed jednym z zakrętów i musiał skorzystać z pobocza. Po powrocie na tor kontynuował jazdę z dosyć wolną prędkością i jak można się było spodziewać, pod koniec okrążenia zjechał do boksów, kończąc tym samym udział w Grand Prix Bahrajnu.

Po odpadnięciu z walki Michaela Schumachera za plecami Alonso znalazł się jego zeszłoroczny partner, Trulli, mając równo trzy sekundy straty. Jadący na trzeciej pozycji Webber miał już tymczasem blisko 13 sekund straty do lidera. Pod koniec 18 okrążenia Ralf Schumacher i Friesacher zapoczątkowali pierwszą rundę rutynowych postojów w boksach. Dwa okrążenia później pierwsze tankowanie paliwa zaliczył lider wyścigu, Alonso. W międzyczasie na dobre rozgorzała walka pomiędzy Sato i de la Rosą o szóstą pozycję. Pierwszą okazję do wyprzedzenia Japończyka kierowca McLarena miał już na 20 okrążeniu, jednak zakończyła się ona niepowodzeniem. Na początku kolejnego okrążenia Hiszpan zaryzykował atak pod koniec prostej startowej, ale za bardzo opóźnił hamowanie przed pierwszym zakrętem i w efekcie znalazł się na poboczu. Skorzystali z tego Barrichello i Button, awansując kolejno na siódmą i ósmą pozycję. De la Rosą czekało tymczasem żmudne odrabianie strat.

Pozostali kierowcy pierwsze planowane postoje zaliczyli do 26 okrążenia włącznie. W międzyczasie awaria silnika wyeliminowała z walki jadącego dotąd na czwartej pozycji Heidfelda, natomiast Sato zaczął mieć poważne problemy z przednimi hamulcami i dwukrotnie wypadł z toru. W końcu na 27 okrążeniu Japończyk musiał dać za wygraną i po zjechaniu do boksów także wycofał się z wyścigu. Po 30 okrążeniach Alonso był nadal liderem wyścigu, a jego przewaga nad Trullim wynosiła osiem sekund. Trzeci Webber miał już blisko pół minuty straty do kierowcy Renault, a tuż za jego plecami podążał Raikkonen, który oprócz skorzystania z problemów Heidfelda przeskoczył dzięki dużo późniejszemu postojowi Ralfa Schumachera. Na pozostałych miejscach jazdę kontynuowali Barrichello, Button, de la Rosa, Massa, Villeneuve, Coulthard, Monteiro, Friesacher i Albers.

Na 33 okrążeniu po trwającej od zakończenia pierwszej rundy postojów walce de la Rosa wyprzedził Buttona i awansował na siódmą pozycję. Na kolejnym okrążeniu jadący na trzeciej pozycji Webber popełnił błąd na jednym z szybszych zakrętów i po znalezieniu się na brudnej stronie toru wpadł w poślizg. Po efektownym piruecie Australijczyk wylądował na poboczu, a zanim wrócił do walki, wyprzedzili go Raikkonen i Ralf Schumacher. Pod koniec 38 okrążenia drugą i zarazem ostatnią rundę postojów ponownie zapoczątkował Friesacher. Pozostali kierowcy ostatnie wizyty w boksach odbyli do 46 okrążenia włącznie. Druga runda postojów przyniosła kolejnego pechowca, którym był Button. Brytyjczyk miał duże trudności z ruszeniem z miejsca po postoju, gdyż ze względu na problemy ze sprzęgłem w jego bolidzie cały czas gasł silnik. W końcu dzięki heroicznej pomocy mechaników Button ruszył z miejsca, ale pod koniec wyjazdu z boksów ponownie zatrzymał się, kończąc tym samym udział w wyścigu.

Po ostatnich postojach kolejność pięciu czołowych kierowców była bez zmian. Dotychczasowy lider wyścigu, Alonso, po 50 okrążeniach miał ponad 12 sekund przewagi nad Trullim, natomiast jadący na kolejnych trzech pozycjach Raikkonen, Ralf Schumacher i Webber byli od niego oddaleni odpowiednio o 37, 52 i 62 sekundy. Na szóstą pozycje jeszcze przed ostatnim postojem awansował de la Rosa, wyprzedzając mającego coraz większe kłopoty z oponami Barrichello. Hiszpanowi sztuka ta udała się dopiero za drugim podejściem, gdyż pierwsza próba wyprzedzenia kierowcy Ferrari zakończyła się krótką wizytą na poboczu, co było oczywiście następstwem kolejnego, zbyt późnego hamowania przed pierwszym zakrętem. Na pozostałych miejscach jazdę kontynuowali Massa, Villeneuve, Coulthard, Monteiro, Friesacher i Albers.

Na 51 okrążeniu Barrichello został także wyprzedzony przez Massę i spadł na ostatnią pozycję punktowaną. Cztery okrążenia później de la Rosa po długiej i emocjonującej walce wyprzedził w efektowny sposób Webbera, awansując w ten sposób na piątą pozycję. Na tym samym okrążeniu Coulthard uderzył w tył bolidu prowadzonego przez Villeneuve'a, gdy obaj kierowcy jechali tuż za Barrichello. Kanadyjczyk zbyt wczesnym hamowaniem zaskoczył najprawdopodobniej kierowcę Red Bull, a w wyniku kolizji wpadł w poślizg. Co gorsza w jego bolidzie awarii uległo tylne zawieszenie i Villeneuve wkrótce wycofał się z wyścigu. Tymczasem Coulthard na ostatnim okrążeniu wyprzedził Barrichello, zdobywając ostatni punkt w wyścigu o Grand Prix Bahrajnu.