Kierowcy Ferrari, Michael Schumacher i Felipe Massa, utrzymali się na czołowych pozycjach podczas startu, a tymczasem startujący z trzeciej pozycji Jenson Button (Honda) ze względu na problemy ze sprzęgłem dosyć ospale ruszył z miejsca i od razu został wyprzedzony przez trzech kolejnych kierowców: Fernando Alonso (Renault), Juana Pablo Montoyę (McLaren) oraz swojego partnera, Rubensa Barrichello. Tuż za Buttonem na siódmej pozycji znalazł się drugi kierowca Renault, Giancarlo Fisichella, któremu udało się wyprzedzić Christiana Kliena (Red Bull Racing) i Marka Webbera (Williams). Bliski utrzymania się na 10 pozycji był Nick Heidfeld (BMW Sauber), jednak o jego bolid zaczepił na pierwszym zakręcie Nico Rosberg (Williams), co dla Heidfelda skończyło się poślizgiem i spadkiem na koniec stawki. Na szczęście jego bolid nie został uszkodzony, a tymczasem Rosberga czekała wymiana przedniego skrzydła.

Z kolizji tej najbardziej skorzystał David Coulthard (Red Bull Racing), który po starcie z 13 pozycji awansował od razu do pierwszej dziesiątki. Tuż za jego plecami znalazł się Jacques Villeneuve (BMW Sauber), a kolejnym po Coulthardzie kierowcą, który zdołał zyskać kilka miejsc na starcie, był Vitantonio Liuzzi. Kierowca Scuderii Toro Rosso oprócz Rosberga i Heidfelda zdołał także wyminąć Jarno Trullego (Toyota), awansując w ten sposób na 12 pozycję. Trullego wyprzedził również partner Liuzziego, Scott Speed, a tuż za kierowcą Toyoty na 15 pozycji znalazł się startujący z końca stawki Kimi Raikkonen (McLaren). Stawkę 21 kierowców zaraz za pierwszym zakrętem zamykali reprezentanci Super Aguri – Takuma Sato i Yuji Ide, Rosberg, startujący z boksów w zapasowym bolidzie Tiago Monteiro (MF1 Racing) i Heidfeld. Tymczasem drugi kierowca Midland, Christijan Albers, odpadł z rywalizacji tuż po starcie ze względu na awarię wału napędowego.

Tuż przed czwartym zakrętem Alonso zaatakował Massę i po chwili był już drugi, gdyż Brazylijczyk opóźnił zbytnio hamowanie i zbyt szeroko wszedł w ten zakręt, umożliwiając swojemu rywali awans na wyższą pozycję. Ponadto w dalszej części pierwszego okrążenia Raikkonen wyprzedził Trullego oraz Speeda i znalazł się na 13 pozycji, natomiast Heidfeld wyminął Rosberga i Monteiro, awansując w ten sposób na 19 pozycję. Pod koniec pierwszego okrążenia Rosberg zjechał do boksów po nowe skrzydło i na tor powrócił na ostatniej pozycji, mając już blisko minutę straty do lidera. W międzyczasie rozgorzała niezwykle emocjonująca walka o piątą pozycję pomiędzy kierowcami Hondy, jednak póki co Barrichello był w stanie odpierać ataki Buttona. Udanym manewrem wyprzedzania na drugim okrążeniu popisali się jednak Klien, Trulli i Heidfeld, pokonując odpowiednio Webbera, Speeda i Sato.

Na trzecim okrążeniu Villeneuve wyprzedził Coultharda i awansował do pierwszej dziesiątki, natomiast Raikkonen pokonał Liuzziego i był już dwunasty. Na kolejnym okrążeniu Button uporał się w końcu z wyprzedzeniem Barrichello i ruszył w pogoń za jadącym na czwartej pozycji Montoyą. Ponadto Klien przesunął się na siódmą pozycję po pokonaniu Fisichelli, natomiast Raikkonen wyprzedził swojego dawnego partnera, Coultharda i zaczął dobierać się do skóry Villeneuve'a. Ten okazał się już jednak dla Fina trudnym orzechem do zgryzienia i zanosiło się na dłuższą walkę. Tymczasem Coulthard kontynuował wędrówkę w dół stawki i na piątym okrążeniu uległ także Liuzziemu. Oprócz Włocha na okrążeniu tym awansowali także Heidfeld (P16) i Monteiro (P18), wyprzedzając odpowiednio Ralfa Schumachera i Sato. Na kolejnym kółku Heidfeld był już piętnasty, po tym jak udało mu się pokonać Speeda.

Pod koniec siódmego okrążenia Ide odbył karny przejazd przez boksy, gdyż okazało się, że mechanicy Super Aguri nie zdążyli w porę opuścić prostej startowej tuż przed startem wyścigu. Po odbyciu kary Japończyk spadł za Rosberga na ostatnią pozycję. Na początku kolejnego okrążenia Massa zaczął się przymierzać do odzyskania drugiej pozycji, utraconej na początku wyścigu na rzecz Alonso, jednak dosyć niespodziewanie wpadł w poślizg podczas hamowania przed pierwszym zakrętem i o mały włos nie zderzył się z Hiszpanem. Na szczęście obyło się bez kolizji, choć oczywiście Massa stracił kilka pozycji i ze względu na przytarcie opon musiał odbyć wcześniejszy postój w boksach. Nie był to jednak koniec kłopotów Brazylijczyka, bowiem problemy z wymianą prawego tylnego koła kosztowały go utratę ponad 45 sekund. W efekcie Massa spadł na ostatnie miejsce, mając blisko okrążenie straty do lidera. W międzyczasie Heidfeld wyprzedził Trullego i awansował na 13 pozycję, natomiast Fisichella popełnił błąd i został wyprzedzony przez Webbera, lądując na ostatniej pozycji punktowanej.

Po 10 okrążeniach przewaga jadącego nadal na prowadzeniu Michaela Schumachera nad Alonso wynosiła już blisko cztery i pół sekundy. Trzeci Montoya tracił 12 sekund do Schumachera, a tuż za jego plecami podążał Button, gotowy do ataku w każdej chwili. Jadący na piątej pozycji Barrichello tracił do swojego partnera ponad siedem sekund, natomiast pozostali kierowcy w pierwszej dziesiątce jechali w dosyć niewielkich odstępach czasowych. Na 11 okrążeniu Button wyprzedził Montoyę i powrócił na trzecią pozycję, a ponadto Ralf Schumacher wyprzedził Speeda, spychając w ten sposób Amerykanina na 16 pozycję. Kierowca Toyoty nie cieszył się jednak zbyt długo z 15 pozycji, bowiem na kolejnym okrążeniu zjechał do boksów na pierwszy postój, po którym spadł na 18 miejsce. W międzyczasie Rosberg wyprzedził Sato i awansował na 17 pozycję.

Na początku 14 okrążenia Heidfeld zaatakował jadącego na 12 pozycji Coultharda. Obaj kierowcy znaleźli się tuż obok siebie zaraz za pierwszym zakrętem, a gdy zaczęli zbliżać się do kolejnego zakrętu, Heidfeld zaczął zjeżdżać na prawą stronę, zmuszając w ten sposób kierowcę Red Bull Racing do wyjechania poza tor. Za ten manewr, który zapewnił mu awans na 12 pozycję, Niemiec został po wyścigu oficjalnie upomniany przez FIA. Tymczasem pierwsza runda postojów na dobre rozpoczęła się na 15 okrążeniu od zjazdu do boksów Michaela Schumachera. Do 27 okrążenia minimum po jednym postoju na swoim koncie mieli już wszyscy kierowcy za wyjątkiem Raikkonena (Fin dopiero na 16 okrążeniu wyprzedził Villeneuve'a) i Coultharda. Schumacher na prowadzenie powrócił na 24 okrążeniu, bowiem dopiero wówczas swój pierwszy postój odbył Montoya. Kolumbijczyk dzięki późnemu zjazdowi do boksów zdołał przeskoczyć Buttona, ale póki co jechał za Raikkonenem na czwartej pozycji, mając niespełna dziewięć sekund straty do lidera. Tymczasem Alonso tracił do Schumachera już tylko sekundę i zapowiadała się emocjonująca walka o prowadzenie.

Jadący podobnie jak Raikkonen tylko na jeden stop Coulthard był chwilowo piąty, a tuż za nim podążali Webber, Klien (Austriak ze względu na wcześniejszy zjazd do boksów uległ kierowcy Williamsa), Villeneuve i zamykający pierwszą dziesiątkę Liuzzi. Jazdy nie kontynuował już jednak Fisichella – w jego bolidzie wysiadła hydraulika na 21 okrążeniu. Po 28 okrążeniach na pozycjach od 11 do 20 jechali zatem: Heidfeld, Massa, Barrichello (Brazylijczyk stracił aż siedem miejsc ze względu na problemy ze skrzynią biegów), Rosberg (awans o trzy miejsca w górę), Trulli, Speed, Ralf Schumacher, Monteiro, Sato i Ide (ci dwaj ostatni stracili mnóstwo czasu w boksach ze względu na problemy z tankowaniem paliwa). Na 30 okrążeniu z rywalizacji odpadł kolejny kierowca – tym razem padło na jadącego dotąd na dziewiątej pozycji Villeneuve'a, w którego bolidzie spektakularnej awarii uległ silnik BMW V8. W międzyczasie Button ponownie wyprzedził Montoyę i znalazł się na czwartej pozycji.

Pod koniec 30 okrążenia pierwsze i zarazem jedyne postoje w tym wyścigu zaliczyli Raikkonen i Coulthard. Fin w trakcie postoju został wyprzedzony przez Buttona, Montoyę oraz Webbera i spadł na szóstą pozycję, natomiast Coultharda oprócz Webbera wyprzedzili także Klien i Liuzzi, tak więc Szot znalazł się na dziewiątej pozycji. Na 32 okrążeniu drugi postój w boksach odbył Massa, co kosztowało go spadek na 13 pozycję, ale już na kolejnym kółku kierowca Ferrari zdołał wyprzedzić Barrichello, który cały czas miał problemy ze skrzynią biegów. Na kolejnym okrążeniu kierowcę Hondy pokonał także Speed. W międzyczasie na nowo rozgorzała walka pomiędzy Coulthardem i Heidfeldem. Szkot nauczony poprzednią przygodą z kierowcą BMW, tym razem nie dał się już jednak łatwo podejść, chociaż ceną za to było przytarcie prawej przedniej opony i będące tego następstwem duże wibracje. Znudzony bezcelową walką, Heidfeld na 35 okrążeniu zjechał na swój drugi postój, po którym spadł na 12 pozycję.

Na 36 okrążeniu przyszła także kolej na drugi i zarazem ostatni postój dotychczasowego lidera wyścigu, Michaela Schumachera. Tym razem Niemiec nie był już jednak w zbyt komfortowej sytuacji, ponieważ tuż przed zjazdem do boksów jego przewaga nad Alonso wynosiła niewiele ponad sekundę. Losy zwycięstwa miały się zatem rozstrzygnąć na najbliższych okrążeniach. Na nieszczęście dla Alonso tuż przed nim znalazło się w tym momencie kilku wolniejszych kierowców, mających już blisko okrążenie straty do lidera, ale aktualny mistrz świata zdołał sobie dosyć szybko z nimi poradzić i gdy na 39 okrążeniu skierował się do boksów, wszystko zależało już tylko od zwinności mechaników Renault. Ci uwinęli się nieco szybciej od mechaników Ferrari, co zresztą nie było dziwne, gdyż Alonso potrzebował nieco mniej paliwa i w efekcie Hiszpan na tor powrócił tuż przed Michaelem Schumacherem, mając w zasadzie zwycięstwo w garści.

Pozostali kierowcy ostatnie postoje zaliczyli do końca 44 okrążenia włącznie. Na trzecią pozycję awansował wówczas Raikkonen, a tuż za nim znaleźli się Button, Montoya, Webber, Klien, Coulthard, Rosberg i zamykający pierwszą dziesiątkę Liuzzi. Na pozostałych miejscach jazdę kontynuowali Massa, Heidfeld, Speed, Ralf Schumacher, Barrichello, Trulli, Monteiro i Sato. Z wyścigu odpadł tymczasem Ide ze względu na bliżej nieokreśloną usterkę mechaniczną. Na 48 okrążeniu Massa wyprzedził Liuzziego i awansował do pierwszej dziesiątki. Na kolejnym okrążeniu Rosberg pokonał z łatwością Coultharda i wypchnął Szkota z punktowanej ósemki. Pięć okrążeń później kierowcę Red Bull Racing wyprzedził także Massa, a autorem ostatniej zmiany w kolejności kierowców podczas pierwszego wyścigu sezonu 2006 był ponownie Rosberg, któremu dwa okrążenia przed końcem udało się wyprzedzić Kliena.

Grand Prix Bahrajnu zakończyła się dziewiątym zwycięstwem w karierze Fernando Alonso, który na ostatnich okrążeniach nie uległ presji ze strony Michaela Schumachera i jako pierwszy przekroczył linię mety. Na najniższym stopniu podium stanął Kimi Raikkonen, na którego presję nakładał z kolei aż do ostatnich metrów Jenson Button. Miejmy nadzieję, że w kolejnych wyścigach będzie nas czekała równie emocjonująca walka o czołowe miejsca.