Lewis Hamilton zapewnił sobie pierwszą pozycję startową do pierwszego od 30 lat wyścigu o Grand Prix Japonii na torze Fuji. Brytyjczyk pokonał w ostatnim momencie deszczowych kwalifikacji swojego partnera z zespołu McLaren – Fernando Alonso o zaledwie 0,07 sekundy. Drugi rząd startowy zapewnili sobie kierowcy Ferrari – Kimi Raikkonen i Felipe Massa, a tymczasem Robert Kubica (BMW Sauber) musiał zadowolić się zaledwie dziewiątym polem startowym.

Pomimo odwołania porannej sesji treningowej ze względu na fatalne warunki pogodowe, co skłoniło organizatorów do przygotowania planu awaryjnego na wypadek, gdyby nie udało się dzisiaj rozegrać kwalifikacji, "czasówka" zgodnie z pierwotnym planem rozpoczęła się w sobotę o godzinie 7:00 (czasu lokalnego). Pierwszy blok kwalifikacji rozpoczął się na dosyć mokrym torze i przy mgle ograniczającej widoczność, ale tylko w nieznacznym stopniu.

Z uwagi na szybko poprawiające się warunki i brak możliwości wcześniejszej jazdy po mokrym torze, jako że obydwie piątkowe sesje zostały rozegrane na suchej nawierzchni, wszyscy kierowcy starali się przejechać jak najwięcej okrążeń. W pierwszym bloku najszybszy okazał się Massa, pokonując Alonso i Raikkonena o mniej niż 0,04 sekundy, a Hamiltona o 0,13 sekundy. Kilku kierowców dosłownie w ostatniej chwili zdołało sobie zapewnić awans do Q2, a byli to między innymi Hamilton i Nick Heidfeld (BMW Sauber).

Kubica w Q1 uzyskał ósmy czas i okazał się wolniejszy o blisko 0,3 sekundy od Sebastiana Vettela (Toro Rosso), który już od początku dzisiejszych kwalifikacji spisywał się znakomicie. Ponadto w pierwszej szesnastce, gwarantującej awans dalej znaleźli się kierowcy z zespołów Red Bull, Toyota, Renault, a także Nico Rosberg (Williams), Jenson Button (Honda) i jako ostatni partner Vettela – Vitantonio Liuzzi. Pozycjami startowymi od 17 do 22 musieli się tymczasem zadowolić Rubens Barrichello (Honda), Alex Wurz (Williams) i kierowcy z zespołów Super Aguri oraz Spyker.

Tymczasem Ralf Schumacher pomimo wykręcenia czternastego czasu także zakończył udział w kwalifikacjach na pierwszym bloku, ponieważ ze względu na kolizję z Sakonem Yamamoto (Spyker) w samej końcówce Q1 nie zdołał powrócić do boksów, a to zgodnie z obowiązującymi obecnie przepisami oznacza koniec udziału w kwalifikacjach. Kolizja ta była wynikiem dosyć ambitnej próby wyprzedzenia Yamamoto, który jednak także znajdował się na okrążeniu pomiarowym, a więc nie miał obowiązku nikogo przepuścić. Mimo to Schumacher postanowił wetknąć nos swojego bolidu tam gdzie nie było miejsca i skończyło się to w jedyny możliwy sposób – zderzeniem.

W drugim bloku kwalifikacji warunki uległy tylko nieznacznej poprawie i kierowcy nadal byli zmuszeni korzystać z deszczowych opon, choć tym razem od samego początku było to już tzw. ogumienie pośrednie. Czasy okrążeń uległy tylko niewielkiej poprawie – w stosunku do Q1 było to około pół sekundy. Tym niemniej nikt nie odważył się czekać w boksach na dalszą poprawę warunków i znowu kilku kierowców przejechało ponad 10 okrążeń. Najszybszy tym razem okazał się Hamilton, pokonując Alonso o 0,053 sekundy, a kierowców Ferrari o ponad 0,2 sekundy.

Heidfeld i Kubica także bez problemu zapewnili sobie awans do Q3, zajmując miejsca 5 i 7, a oprócz nich w pierwszej dziesiątce znaleźli się Button, Webber, Rosberg i Vettel, co w przypadku Buttona i Vettela było sporą niespodzianką. Pierwszymi pechowcami, którzy nie zdołali przejść dalej byli tymczasem kierowcy Renault – Giancarlo Fisichella i Heikki Kovalainen. Obaj skorzystają jednak z kary nałożonej na Rosberga, a więc wystartują z pozycji 10 i 11. Za nimi na starcie ustawią się David Coulthard (Red Bull), Jarno Trulli (Toyota), Liuzzi i Schumacher, także korzystając z obniżenia pozycji startowej Rosberga o 10 miejsc.

Ostatni blok kwalifikacji nie przyniósł specjalnych niespodzianek, może poza jedynie słabym występem Kubicy, który skarżył się później na ziarnienie opon i nienajlepszy moment przejazdu szybkich okrążeń. Polak okazał się najwolniejszym kierowcą w ostatnim kwadransie, jednak dzięki karze nałożonej na Rosberga wystartuje z dziewiątej pozycji. Rosberg uzyskał szósty czas w Q3, a więc wyścig rozpocznie z 16 pozycji. Przed Kubicą na pozycjach startowych od piątej do ósmej ustawią się Heidfeld, Button, Webber i Vettel, który zapewnił zespołowi Toro Rosso pierwszy w jego krótkiej historii start z pierwszej dziesiątki.